R语言 beadarray包 expressionQCPipeline()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

expressionQCPipeline(beadarray)
expressionQCPipeline()所属R语言包：beadarray

                                         Flexible bead-level QC pipeline
                                         灵活珠QC管道

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to produce various QC plots and HTML summary pages for bead-level data.
珠水平的数据功能产生不同的质量控制图和HTML摘要页面。


用法----------Usage----------


expressionQCPipeline(BLData, transFun = logGreenChannelTransform, qcDir = "QC", plotType = ".jpeg", horizontal = TRUE, controlProfile = NULL, overWrite=FALSE,nSegments=9,outlierFun=illuminaOutlierMethod,tagsToDetect = list(housekeeping = "housekeeping", Biotin = "biotin", Hybridisation = "cy3_hyb"),zlim=c(5,7),positiveControlTags = c("housekeeping", "biotin"), hybridisationTags =  c("cy3_hyb"), negativeTag= "negative", boxplotFun = logGreenChannelTransform, imageplotFun = logGreenChannelTransform)



参数----------Arguments----------

参数：BLData
a beadLevelData object  
beadLevelData对象


参数：transFun
what transformation function to apply  
申请什么转换功能


参数：qcDir
a directory to write output to   
将输出写入的目录


参数：plotType
desired file extension for plots (jpeg or png)  
所需图的文件扩展名（JPEG或PNG）


参数：horizontal
if TRUE imageplots and outlier plots are produced with longest edge on x axis  
如果为TRUE imageplots和离群图最长的边缘对X轴与生产


参数：controlProfile
a data frame defining all control types. not required if annotation information is stored in the bead-level object  
一个数据框，定义所有的控制类型。注释信息被存储在珠级别的对象如果不要求


参数：overWrite
if FALSE any plots that exist in the directory will not be recreated  
如果为FALSE目录中存在任何图，不会重现


参数：nSegments
how many segments each section is divided into  
每节分为多少段


参数：outlierFun
a function to removed outliers  
以删除离群值的功能


参数：tagsToDetect
which control types to used in the detection metrics  
控制类型中使用的检测指标


参数：zlim
the range of the imageplots  
一系列的imageplots


参数：boxplotFun
what transformation function to be used in boxplots  
什么转换功能，可用于在盒状图


参数：imageplotFun
what transformation function to be used for imageplots  
什么转换函数用于imageplots


参数：positiveControlTags
character strings defining which positive controls to plot  
字符串定义绘制阳性对照


参数：hybridisationTags
additional control types to be plotted   
额外的控制类型要绘制


参数：negativeTag
character string to identify which control type in the control profile corresponds to negative controls  
字符串，以确定控制在控制的文件类型对应阴性对照


参数：...
other plot arguments  
其他图参数


Details

详情----------Details----------

This function is a convient way of automatically generating QC plots for each section within a beadLevelData object. The following plots are produced for each section. i) scatter plots of all bead observation of the positive controls. See poscontPlot. ii) Further scatter plots of other controls of interest using poscontPlot. iii) imageplot (imageplot) of section data after applying transformation function iv) plot of outlier locations using specified outlier function. A HTML page displaying all the plots is produced.
此功能是一个自动生成为beadLevelData对象内的每个部分的质量控制图的convient方式。以下图生产的每个部分。我所有的阳性对照珠观察）散点图。看到poscontPlot。 ii）利益的其他控制的进一步散点图使用poscontPlot。三）申请转换功能四）使用指定的离群功能离群位置图后，部分数据imageplot（imageplot）。产生一个HTML页面，显示所有的图。

After plots have been produced for each section, makeQCTable is run to make a table of mean and standard deviations for the defined control types, followed by the results of calculateOutlierStats and controlProbeDetection for each section and written to a HTML page in the requested directory.
每个部分图已为后，makeQCTable运行，使每一个节表定义的控制类型的均值和标准偏差，其次由calculateOutlierStats和controlProbeDetection的结果写在HTML页面请求的目录。

The function should be able to run automatically for expression data that has its annotation stored using setAnnotation or using readIllumina. Otherwise the controlProfile data frame can be used to define the control types on the array and their associated ArrayAddressIDs. Similarly, the function assumes single-channel data but a transformation function can be passed.
该功能应该能够表达数据的自动运行，其注释存储，使用setAnnotation用readIllumina。否则controlProfile数据框可以用来定义阵列及其相关ArrayAddressIDs控制类型。同样，函数假定单通道数据，但可以通过一个转换功能。


作者（S）----------Author(s)----------



Mark Dunning




参见----------See Also----------

poscontPlot imageplot outlierplot controlProbeDetection
poscontPlotimageplotoutlierplotcontrolProbeDetection


举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

## Not run: [＃无法运行：]

data(exampleBLData)

expressionQCPipeline(exampleBLData, horizontal=T)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

}


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