R语言 beadarray包 calculateDetection()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calculateDetection(beadarray)
calculateDetection()所属R语言包：beadarray

                                        Calculate detection scores
                                         计算检测分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to calculate detection scores for summarized data if they are not available.
功能检测分数，如果他们不计算汇总数据。


用法----------Usage----------


calculateDetection(BSData, status=fData(BSData)$Status, negativeLabel="negative")



参数----------Arguments----------

参数：BSData
An ExpressionSetIllumina object
一个ExpressionSetIllumina对象


参数：status
character vector giving probe types
特征向量，使探针类型


参数：negativeLabel
character giving identifer for negative controls
给字符的标识符为阴性对照


Details

详情----------Details----------

Detection scores are a measure of whether the probe is showing any specific expression. This function implements Illumina's method for calculating the detection scores for all bead types on a given array. Within an array, Illumina discard negative control bead-types whose summary values are more than three MADs from the median for the negative controls. Illumina then rank the summarized intensity for each other bead-type against the summarized values for the remaining negative control bead-types and calculate a detection p-value  1-R/N, where R is the relative rank of the bead intensity when compared to the $N$ remaining negative controls. Thus, if a particular bead has higher intensity than all the negative controls it will be assigned a value of 0. This calculation is repeated for all arrays. \
检测分数是衡量探针是否显示任何特定的表达。此功能实现Illumina的所有珠类型的检测分数计算一个给定的数组的方法。在一个阵列，Illumina公司丢弃阴性对照珠类型的汇总值三个以上的中位数为阴性对照MADS。 Illumina公司则排名对方珠型总结强度对其余阴性对照珠类型的汇总值计算p值1  -  R / N，其中R是相对排名相比，珠强度检测$ n $其余的阴性对照。因此，如果一个特定的珠具有较高的强度比所有的阴性对照，将被分配一个0值。所有阵列重复计算。 \

The function expects the negative controls to be indicated by the Status column in the featureData slot of the ExpressionSetIllumina object. If this is not present the user can supply a status vector with the same length as the number of rows in the ExpressionSetIllumina object.
该功能预计阴性对照Status列表示在featureDataExpressionSetIllumina对象插槽。如果这是不存在的用户可以提供一个状态向量与作为行在ExpressionSetIllumina对象数量相同的长度。


值----------Value----------

Matrix of detection scores with the same dimensions as the exprs matrix of BSData. This matrix can be stored in a ExpressionSetIllumina object using the Detection function
矩阵检测的与作为BSData exprs矩阵的尺寸相同的分数。这个矩阵可以存储，在ExpressionSetIllumina使用Detection函数对象


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Dunning and Andy Lynch



举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleSummaryData)

table(fData(exampleSummaryData)[,"Status"])

exampleSummaryData.log2 <- channel(exampleSummaryData ,"G")

det <- calculateDetection(exampleSummaryData.log2)

Detection(exampleSummaryData.log2) <- det

}


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