R语言 beadarray包 BASHDiffuse()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

BASHDiffuse(beadarray)
BASHDiffuse()所属R语言包：beadarray

                                        BASH - Diffuse Defect Analysis
                                          - 漫的BASH的缺陷分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a list of probes marked as being in diffuse defects.
创建一个标记探针为弥漫性缺陷列表。


用法----------Usage----------


BASHDiffuse(inten, probeIDs, wts=NULL, neighbours = NULL, E = NULL, n = 3,
    compact = NULL, sig = 0.0001, invasions = 10, cutoff = 8, cinvasions = 10,
    twotail = FALSE, einvasions = 20, outlierFun = illuminaOutlierMethod, ...)



参数----------Arguments----------

参数：inten
the (transformed) intensities associated with beads on an array.
（转换）与数组珠相关的强度。


参数：probeIDs
the probe identities associated with those beads (i.e. indicating which beads are of which sort)
那些珠子探针关联的身份（即珠是其中排序）


参数：wts
weights indicating any beads to be masked in calculations.
指示在计算任何屏蔽珠的重量。


参数：neighbours
A Neighbours matrix such as that generated by generateNeighbours. Compulsory - the function will no longer generate this for you.
如generateNeighbours生成的邻居矩阵。强制 - 的功能将不再为您生成这个。


参数：E
Numerical vector - The error image to use. Optional - if left blank, it will be computed, using generateE using bgfilter = "median".
数值向量 - 使用错误形象。可选 - 如果留空，将计算，使用generateE用bgfilter = "median"。


参数：n
Specify a cut-off for outliers (e.g. as n median absolute deviations (MADs) from the median). The default value is 3
指定为离群值（例如列印绝对偏差的中位数，中位数（MADS））截止。默认值是3


参数：compact
Vector - Optional. BeadIDs of beads in compact defects to remove from the analysis.
向量 - 可选。在紧凑的缺陷珠BeadIDs从分析中删除。


参数：sig
Numerical - Significance level of binomial test.
- 数值意义二项式测试水平。


参数：invasions
Integer - Number of invasions to use to find the kernel (see below).
整数 - 入侵的数量，使用内核（见下文）。


参数：cutoff
Integer - Size a cluster must be to be labelled a diffuse defect.
整数 - 大小的聚类必须是被贴上了弥漫性缺陷。


参数：cinvasions
Integer - Number of invasions used when closing the image.
整数 - 关闭图像时使用的入侵。


参数：twotail
Logical - If TRUE, then we analyse positive and negative outliers separately, and then combine the diffuse defect images at the end.
逻辑 - 如果属实，那么我们分析正面和负面的离群分开，然后在年底结合弥漫的缺陷图像。


参数：einvasions
Integer - Number of invasions used when forming the error image E.
整数 - 形成的错误形象E时使用的入侵。


参数：outlierFun
the choice of outlier calling function to use.
在选择离群通话功能使用。


参数：...
Additional arguments to be passed to outmeth.
额外的参数被传递到outmeth。


Details

详情----------Details----------

BASHDiffuse finds "diffuse defects" on an array. A diffuse defect is defined as a region containing an unusually large number of (not necessarily connected) outliers.
BASHDiffuse发现一个阵列上的“弥漫性缺陷”。弥漫性缺陷被定义为包含一个不同寻常的大量的（不一定是连接）离群区域。

Firstly, we consider the error image E, and find outlier beads on this image. Outliers for a particular bead type are determined using a 3 MAD cut-off from the median.
首先，我们考虑的错误形象E，找到这个图片上的离群珠。珠为特定类型的异常值确定使用中位数从3疯狂切断。

We now consider an area around each bead (known as the "kernel"). The kernel is found by an invasion process using the neighbours matrix - we choose the beads which can be reached from the central bead in cinvasions steps.
我们现在考虑每个珠子周围的区域（称为“内核”）。内核被发现入侵过程中使用的邻居矩阵 - 我们选择了cinvasions步骤可以达到从中央珠的珠子。

We count how many beads are in the kernel, and how many of these are marked as outliers. Using a binomial test, we work out if there are significantly more outliers in the kernel than would be expected if the outliers were equally distributed over the entire array. If so, then the central bead is marked as a diffuse defect.
我们指望多少珠是在内核中，如何对这些标记为离群值。使用二项式测试，我们的工作，如果有更多内核中的显着比预期如果离群同样分布在整个阵列离群。如果是这样，那么中央珠被标记为弥漫性缺陷。

Lastly, we run a clustering algorithm and a closing algorithm similar to those in BASHCompact.
最后，我们运行的聚类算法和类似BASHCompact那些闭幕算法。


值----------Value----------

A vector consisting of the BeadIDs of beads considered diffuse defects.
一个向量组成的审议弥漫性缺陷珠BeadIDs。


作者（S）----------Author(s)----------


Jonathan Cairns



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

BASH, generateNeighbours,
BASH，generateNeighbours


举例----------Examples----------



## Not run: [＃无法运行：]


if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleBLData)
o <- BASHDiffuse(getBeadData(exampleBLData,array=1,what="Grn"), getBeadData(exampleBLData,array=1,what="ProbeIDs"))
o &lt;- BASHDiffuse(getBeadData(exampleBLData,array=1,what="Grn"), getBeadData(exampleBLData,array=1,what="ProbeIDs"), sig = 0.00001) ##stricter significance value, perhaps more useful on a BeadChip.[＃严格意义的价值，也许更多有用的BeadChip。]
o &lt;- BASHDiffuse(getBeadData(exampleBLData,array=1,what="Grn"), getBeadData(exampleBLData,array=1,what="ProbeIDs"), cutoff = 12) ##only larger defects will be found with this setting[＃只有较大的缺陷，会发现此设置]

}


## End(Not run)[＃结束（不运行）]


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。