R语言 beadarraySNP包 SnpSetIllumina()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SnpSetIllumina(beadarraySNP)
SnpSetIllumina()所属R语言包：beadarraySNP

                                         Class to Contain Objects Describing High-Throughput SNP Assays.
                                         一类含有高通量的SNP检测对象描述。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Container for high-throughput assays and experimental metadata. SnpSetIllumina class is derived from eSet, and requires matrices R, G, call, callProbability as assay data members.  
高通量的检测和试验的元数据的容器。 SnpSetIlluminaeSet类派生，并要求矩阵R，G，call，callProbability作为检测数据成员。

It supports featureData. Several visualization methods use columns CHR  and MapInfo. The CHR column is used to handle sex chromosomes in  a specific way. The OPA column is the default way to specify subsamples.
它支持featureData。几个可视化方法使用列CHR和MapInfo。 CHR列是使用一种特定的方式来处理性染色体。 OPA列是默认的方式来指定子样本。


延伸----------Extends----------

Directly extends class eSet.
直接延伸类eSet。


创建对象----------Creating Objects----------

new('SnpSetIllumina',     phenoData = [AnnotatedDataFrame],     experimentData = [MIAME],     annotation = [character],     call = [matrix],     callProbability = [matrix],     G = [matrix],     R = [matrix],     featureData = [data.frameOrNULL],     ...)   
new('SnpSetIllumina',     phenoData = [AnnotatedDataFrame],     experimentData = [MIAME],     annotation = [character],     call = [matrix],     callProbability = [matrix],     G = [matrix],     R = [matrix],     featureData = [data.frameOrNULL],     ...)   

SnpSetIllumina instances are usually created through new("SnpSetIllumina", ...). Arguments to new include call (a matrix of gentoypic calls, with features (SNPs) corresponding to rows and samples to columns), callProbability, G, R, phenoData, experimentData, and annotation.  phenoData, experimentData, and annotation can be missing, in which case they are assigned default values.
SnpSetIllumina实例通常是创建new("SnpSetIllumina", ...)。 new参数call（矩阵，与功能的gentoypic检测（SNPs）的相应的行和列样品），callProbability，G，R ，phenoData，experimentData，annotation。 phenoData，experimentData，annotation可以丢失，在这种情况下，他们被分配默认值。


插槽----------Slots----------

Inherited from Biobase:eSet:
继承自Biobase:eSet




assayData: Contains matrices with equal dimensions, and with  column number equal to nrow(phenoData). assayData must  contain a matrix call with rows representing features (e.g., SNPs)  and columns representing samples, a matrix callProbability  describing the certainty of the call, and matrices R and G  to describe allele specific intensities. The contents of these matrices  are        not enforced by the class. The assayData matrices Gb, Rb,  intensity, theta are optional, but are either results or input for   several methods of the class. Additional matrices of identical size may  also be included in
assayData：包含与同等尺寸的矩阵，列数等于nrow(phenoData)。 矩阵assayData必须包含代表的功能（例如，单核苷酸多态性）和列代表样本的行矩阵call，callProbability描述呼叫确定性，矩阵R“ G来形容等位基因特异性强。这些矩阵的内容不是由类执行。 ，assayData矩阵Gb, Rb,  intensity, theta是可选的，但无论结果或输入之类的几种方法。也可能包括在大小相同的额外矩阵




phenoData: See eSet.
phenoData：见eSet。




experimentData: See eSet.
experimentData：见eSet。




annotation: See eSet.
annotation：见eSet。




featureData: annotation for SNPs, usually will contain a
featureData：单核苷酸多态性的注解，通常会包含


方法----------Methods----------

Class-specific methods:
类的具体方法：




exprs(SnpSetIllumina), exprs(SnpSetIllumina,matrix)<- Access and
exprs(SnpSetIllumina)，exprs(SnpSetIllumina,matrix)<-访问和




combine(SnpSetIllumina,SnpSetIllumina): performs union-like
combine(SnpSetIllumina,SnpSetIllumina)：执行union样




fData(SnpSetIllumina), fData(SnpSetIllumina,data.frame)<- Access and
fData(SnpSetIllumina)，fData(SnpSetIllumina,data.frame)<-访问和




calculateGSR(SnpSetIllumina) calculate ratio of Gentrain score and Gencall score. Creates
calculateGSR(SnpSetIllumina)计算的Gentrain得分和Gencall得分的比例。创建




calculateSmooth(object,smoothType) calculate smoothed data, creates smoothed matrix
calculateSmooth(object,smoothType)计算平滑的数据，创建smoothed矩阵




sortGenomic(SnpSetIllumina)  order the data by chromosome and position on the chromosome.
sortGenomic(SnpSetIllumina)为了染色体和染色体上的位置数据。

Derived from eSet:
来自eSet：




sampleNames(SnpSetIllumina) and sampleNames(SnpSetIllumina)<-: See eSet.
sampleNames(SnpSetIllumina)和sampleNames(SnpSetIllumina)<-：见eSet。




featureNames(SnpSetIllumina), featureNames(SnpSetIllumina, value)<-: See eSet.
featureNames(SnpSetIllumina)，featureNames(SnpSetIllumina, value)<-：参见eSet。




dims(SnpSetIllumina): See eSet.
dims(SnpSetIllumina)：见eSet。




phenoData(SnpSetIllumina), phenoData(SnpSetIllumina,value)<-: See eSet.
phenoData(SnpSetIllumina)，phenoData(SnpSetIllumina,value)<-：参见eSet。




varLabels(SnpSetIllumina), varLabels(SnpSetIllumina, value)<-: See eSet.
varLabels(SnpSetIllumina)，varLabels(SnpSetIllumina, value)<-：参见eSet。




varMetadata(SnpSetIllumina), varMetadata(SnpSetIllumina,value)<-: See eSet.
varMetadata(SnpSetIllumina)，varMetadata(SnpSetIllumina,value)<-：参见eSet。




pData(SnpSetIllumina), pData(SnpSetIllumina,value)<-: See eSet.
pData(SnpSetIllumina)，pData(SnpSetIllumina,value)<-：参见eSet。




varMetadata(SnpSetIllumina), varMetadata(SnpSetIllumina,value) See eSet.
varMetadata(SnpSetIllumina)，varMetadata(SnpSetIllumina,value)见eSet。




experimentData(SnpSetIllumina),experimentData(SnpSetIllumina,value)<-: See eSet.
experimentData(SnpSetIllumina)，experimentData(SnpSetIllumina,value)<-：参见eSet。




pubMedIds(SnpSetIllumina), pubMedIds(SnpSetIllumina,value) See eSet.
pubMedIds(SnpSetIllumina)，pubMedIds(SnpSetIllumina,value)见eSet。




abstract(SnpSetIllumina): See eSet.
abstract(SnpSetIllumina)：见eSet。




annotation(SnpSetIllumina), annotation(SnpSetIllumina,value)<- See eSet.
annotation(SnpSetIllumina)，annotation(SnpSetIllumina,value)<-见eSet。




storageMode(eSet), storageMode(eSet,character)<-: See eSet.
storageMode(eSet)，storageMode(eSet,character)<-：参见eSet。




featureData(SnpSetIllumina), featureData(SnpSetIllumina,AnnotatedDataFrame)<- See eSet.
featureData(SnpSetIllumina)，featureData(SnpSetIllumina,AnnotatedDataFrame)<-见eSet。




object[(index): Conducts subsetting of matrices and phenoData and featureData components.
object[(index)：的矩阵和phenoData和featureData组件进行子集。

Standard generic methods:
标准的通用方法：




initialize(SnpSetIllumina): Object instantiation, used
initialize(SnpSetIllumina)：对象实例，使用




validObject(SnpSetIllumina): Validity-checking method, ensuring that call, callProbability, G, and R are members of assayData. checkValidity(SnpSetIllumina) imposes this
validObject(SnpSetIllumina)：有效性检查方法，确保call，callProbability，G，RassayData成员。 checkValidity(SnpSetIllumina)对本




show(SnpSetIllumina) See eSet.
show(SnpSetIllumina)见eSet。




dim(SnpSetIllumina), ncol See eSet.
dim(SnpSetIllumina)，ncol见eSet。




SnpSetIllumina[(index): See eSet.
SnpSetIllumina[(index)：见eSet。




SnpSetIllumina$, SnpSetIllumina$<- See eSet.
SnpSetIllumina$，SnpSetIllumina$<-见eSet。


作者（S）----------Author(s)----------


J. Oosting, based on Biobase eSet class



参见----------See Also----------

eSet
eSet

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注：
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