normalizeWithinArrays.SNP(beadarraySNP)
normalizeWithinArrays.SNP()所属R语言包：beadarraySNP
Within Array normalization
数组内的标准化
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Perform within array normalization on Illumina Golden Gate bead arrays.
Illumina的金门珠阵列标准化数组内执行。
用法----------Usage----------
normalizeWithinArrays.SNP(object, callscore=0.5, normprob=0.5, quantilepersample=FALSE,
relative=FALSE, fixed=FALSE, useAll=FALSE, subsample="OPA",
Q.scores="callProbability")
参数----------Arguments----------
参数：object
class SnpSetIllumina.
类SnpSetIllumina。
参数：callscore
numeric with range 0:1, threshold for probe inclusion.
范围0:1，探针列入阈值数字。
参数：normprob
numeric with range 0:1, target quantile for normalization. The default is to divide the sample intensities by the median of the selected subset.
范围0时01分，目标标准化位数的数字。默认是选定的子集的中位数除以样品的强度。
参数：quantilepersample
logical. If TRUE then the threshold is determined for each sample, else it is experiment wide. This is only relevant when fixed is FALSE.
逻辑。如果TRUE然后阈值确定每个样品，否则它是广泛的实验。这仅仅是相关时fixed是FALSE。
参数：relative
logical. If TRUE then the ratio of GCS and GTS is used, else only the GCS is used as the quality score.
逻辑。如果TRUE然后使用的GCS和GTS的比例，否则只有GCS的质量得分。
参数：fixed
logical. If TRUE then callscore is the fixed threshold for the quality score, else the probes above the quantile callscore are used.
逻辑。如果TRUE然后callscore是固定阈值的质量得分，否则位数callscore用于上述探针。
参数：useAll
logical. If TRUE then all probes in the dataset are eligible as the invariant set, else only the heterozygous SNPs.
逻辑。如果TRUE然后在DataSet中所有的探针有资格的不变集，否则只有杂合子的SNPs。
参数：subsample
factor or column name in featureData slot, the levels of the factor are treated separately.
因子或列featureData插槽的名称，各级因素分开处理。
参数：Q.scores
name of assayData() element, or numeric matrix of appropriate size. Quality scores to select high quality SNPs
名称的assayData（）的元素，或数字矩阵适当的大小。选择高品质的单核苷酸多态性的质量分数
Details
详情----------Details----------
The function uses high quality heterozygous SNPs as an invariant set with the assumption that these have the highest probability of coming from unaffected regions of the genome. Most of the arguments are used to determine the quality of the call.<br>
该功能使用，这些都来自基因组不受区域的最高概率的假设不变集高品质的杂合子的SNPs。大多数参数都是用来确定通话质量的参考。
值----------Value----------
This function returns a SnpSetIllumina object.
此函数返回一个SnpSetIllumina对象。
作者（S）----------Author(s)----------
Jan Oosting
参见----------See Also----------
SnpSetIllumina,normalizeLoci.SNP, backgroundCorrect.SNP,normalizeBetweenAlleles.SNP
SnpSetIllumina，normalizeLoci.SNP，backgroundCorrect.SNP，normalizeBetweenAlleles.SNP
举例----------Examples----------
data(chr17.260)
data.nrm <- normalizeWithinArrays.SNP(chr17.260)
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注：
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发表于 2012-2-25 12:36:16
