R语言 beadarraySNP包 normalizeLoci.SNP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalizeLoci.SNP(beadarraySNP)
normalizeLoci.SNP()所属R语言包：beadarraySNP

                                        locus normalization
                                         轨迹标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Perform locus normalization on Illumina Golden Gate bead arrays
Illumina的金门珠阵列上执行轨迹标准化


用法----------Usage----------


   normalizeLoci.SNP(object, method=c("normals","paired","alleles"), NorTum="NorTum",
                     Gender="Gender", Subject="Subject", normalizeTo=2, trig=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
object class SnpSetIllumina
object类SnpSetIllumina


参数：method
character. If "normals" then all normal samples in the  dataset are used as the invariant set. If "paired" then affected  samples are normalized to their paired normal samples. "alleles" fits a linear model between the B-allele ratio and the signal intensity and  normalizes for that
字符。如果"normals"然后在DataSet中所有正常样本不变集。如果"paired"然后影响样本归其配对正常样本。 "alleles"适合的B等位基因比例和信号强度之间的线性模型，标准化


参数：NorTum
logical or character vector or name of column in pData slot.  depicts the normal, unaffected samples in the dataset. In a character vector these should have the value "N"
逻辑或字符向量或pData槽列的名称。描绘了正常，不受集样品。在这些字符向量的值"N"


参数：Gender
logical or character vector or name of column in pData slot. depicts the female samples in the dataset and is used to normalize the sex chromosomes. In a character vector these should have value "F"
逻辑或字符向量或pData槽列的名称。描绘女性样本数据集，用于标准化的性染色体。这些字符向量，应该有值"F"


参数：Subject
factor or name of or column in pData slot. This factor is used to pair the samples when method is "paired"
因素或名或列在pData插槽。这个因素是用来配对样本时method是"paired"


参数：normalizeTo
normalizeTo numeric. The average copy number of the sample.
normalizeTo数字。样品的平均拷贝数。


参数：trig
Logical, use geometric distance of intensity. Otherwise use  addition of intensities
逻辑，使用强度的几何距离。否则，使用强度除


Details

详情----------Details----------

This function is usually performed in the last step of normalization in order to obtain calculated copy numbers.
此功能通常在标准化的最后一步，以获得计算的拷贝数。


值----------Value----------

This function returns an SnpSetIllumina object.
此函数返回一个SnpSetIllumina对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Jan Oosting



参见----------See Also----------

SnpSetIllumina,normalizeWithinArrays.SNP, normalizeBetweenAlleles.SNP
SnpSetIllumina，normalizeWithinArrays.SNP，normalizeBetweenAlleles.SNP


举例----------Examples----------


  data(chr17.260)
  data.nrm<-normalizeLoci.SNP(chr17.260)


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