R语言 beadarraySNP包 heterozygosity()函数中文帮助文档(中英文对照)

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heterozygosity(beadarraySNP)
heterozygosity()所属R语言包：beadarraySNP

                                        Find regions of homozygous SNPs
                                         区域纯合子的SNPs

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Analyze affected material without corresponding unaffected material in order to find regions that contain stretches of homozygous SNPs as an indication of loss of heterozygosity (LOH)
分析材料的杂合性缺失（LOH）的指示，以便找到含有纯合子的SNPs绵延的区域没有相应的影响材料的影响


用法----------Usage----------


heterozygosity(genotype, decay = 0.8, threshold = 0.1)



参数----------Arguments----------

参数：genotype
character or logical vector, genotypes of affected tissue
字符或逻辑的向量，受影响组织的基因型


参数：decay
numeric in range (0,1)
范围内的数字（0,1）


参数：threshold
numeric in range (0,1)
范围内的数字（0,1）


Details

详情----------Details----------

The method calculates how long the stretch of homozygous SNPs is for each element delay and threshold can be set to skip individual heterozygous  probes in a longer stretch of homozygous probes. The default setting  tolerate 1 erroneous heterozygous SNP every 10 homozygous SNPs. Set threshold  at 1 to stop discarding hetrozygous SNPs
该方法计算纯合子的SNPs舒展的每个元素是多久delay和threshold可以设置跳过个别的杂合探针，在较长的合子探针舒展。默认设置容忍错误的杂合的SNP合子每10个SNPs。设置threshold1停止丢弃hetrozygous个SNPs


值----------Value----------

A numeric vector with the same length as genotype is returned. Higher values, of 15 and higher, indicate regions of LOH
返回一个数值向量作为基因型相同长度。 15和更高，更高的价值，表明蕙区域


作者（S）----------Author(s)----------


Jan Oosting



参见----------See Also----------

compareGenotypes, heterozygousSNPs
compareGenotypes，heterozygousSNPs


举例----------Examples----------


  data(chr17.260)
  plot(heterozygosity(exprs(chr17.260)[,"514TV"]))

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注：
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