R语言 BCRANK包 matchingSites()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

matchingSites(BCRANK)
matchingSites()所属R语言包：BCRANK

                                        Report IUPAC consensus occurrences in a fasta file
                                         报告IUPAC出现在FASTA文件达成共识

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function reports all occurrences of a consensus sequence in a fasta file. It can be used to extract transcription factor binding sites predicted by BCRANK or other motif search methods.
此功能报告一个共识序列FASTA文件中所有出现的。它可用于提取预测由BCRANK或其它图案搜索方法的转录因子结合位点。


用法----------Usage----------


matchingSites(fafile, motifSequence, revComp=TRUE, strip.desc=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：fafile
a ranked fasta file containing DNA sequences.  
排名含有DNA序列的FASTA文件。


参数：motifSequence
a character vector in IUPAC coding representing a DNA sequence.
在国际化联代表DNA序列的编码字符向量。


参数：revComp
set to TRUE if the reverse complement also be matched.
如果反向的补充也可以匹配设置为TRUE。


参数：strip.desc
An argument used by the function readFASTA(). It specifies whether or not the ">" marking at the beginning of description lines should be removed.
参数功能readFASTA()。这说明行的开始“>”标记指定是否应删除。


值----------Value----------

Returns a data frame with positions, strand and DNA sequence for the matching sites.
返回一个匹配的网站位置，钢绞线和DNA序列数据框。


作者（S）----------Author(s)----------


Adam Ameur, <a href="mailto:adam.ameur@genpat.uu.se">adam.ameur@genpat.uu.se</a>



参考文献----------References----------

C. Identification of candidate regulatory SNPs by combination of transcription factor binding site prediction, SNP genotyping and haploChIP. Nucleic Acids Res, 2009, 37(12):e85.

参见----------See Also----------

bcrank
bcrank

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。