R语言 baySeq包 topCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

topCounts(baySeq)
topCounts()所属R语言包：baySeq

                                        Get the top counts corresponding to some group from a
                                         获取相应的组从一些顶级计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Takes posterior likelihoods and returns the counts with highest (or lowest) likelihood of association with a given group.
注意到后的可能性和回报最高（或最低）关联的可能性与一个给定的组数。


用法----------Usage----------


topCounts(cD, group, decreasing = TRUE, number = 10, normaliseData = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：cD
countData object, containing posterior likelihoods for each group.
countData对象，包含各组后的似然性。


参数：group
Which group should we give the counts for? See Details.
我们应该给哪个组的计数？查看详细信息。


参数：decreasing
Ordering on posterior likelihoods.
排列在后的似然性。


参数：number
How many results should be returned?
应返回多少结果？


参数：normaliseData
Should the displayed counts be normalised by library size? Defaults to FALSE.
显示计数应被归库的大小？默认为false。


值----------Value----------

A dataframe of the top counts associated with some model (group), described by annotation drawn from the '@annotation' slot of the 'cD' object and the raw data from the '@data' slot, together with the posterior likelihoods and false discovery rates.
dataframe的一些模型（集团）注释描述，绘制从“注释”的“CD”对象和原始数据从“数据”槽槽顶端计数，连同后的可能性和虚假发现率。

The argument 'group' can be specified either as a number, giving the index of an element in the cD@groups list, or as a character string identifying an element by name. Partial matching is allowed. If group = NULL, then the function looks at the posterior likelihoods that the data have no true differential expression (if calculated).
组“的说法，可以指定为数字，给在cD@groups列表元素的索引，或作为一个字符串，标识元素的名字。允许部分匹配。如果组= NULL，那么函数在该数据后有没有真正的差异表达（如计算）的似然性。


作者（S）----------Author(s)----------


Thomas J. Hardcastle



参见----------See Also----------

countData
countData


举例----------Examples----------



# We load in a `countData' object containing the estimated posterior[我们加载在countData估计后的对象]
# likelihoods of expression (see `getLikelihoods').[表达似然性（看到getLikelihoods“）。]

data(CDPost)

# Report the top ten rows of data that have highest likelihood of belonging to[报告的数据，有可能属于最高的十大行]
# group 2 of the data (i.e., differentially expressed)[数据的第2组（即，差异表达）]

topCounts(CDPost, group = "DE", number = 10)

# equivalently...[等价...]
topCounts(CDPost, group = 2, number = 10)


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