R语言 baySeq包 getTPs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getTPs(baySeq)
getTPs()所属R语言包：baySeq

                                        Gets the number of true positives in the top n counts selected by
                                         获取真阳性的数量，选出前n计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

If the true positives are known, this function will return a vector, the ith member of which gives the number of true positives identified if the top i counts, based on estimated posterior likelihoods, are chosen.
如果真阳性，这个函数会返回一个向量，其中第i个成员给出了如果我计数，估计后似然性的基础上，选择确定真阳性的数量。


用法----------Usage----------


getTPs(cD, group, decreasing = TRUE, TPs)



参数----------Arguments----------

参数：cD
countData object, containing posterior likelihoods for each group.
countData对象，包含各组后的似然性。


参数：group
Which group should we give the counts for? See Details.
我们应该给哪个组的计数？查看详细信息。


参数：decreasing
Ordering on posterior likelihoods.
排列在后的似然性。


参数：TPs
Known true positives.
已知的真阳性。


Details

详情----------Details----------

In the rare (or simulated) cases where the true positives are known, this function will calculate the number of true positives selected at any cutoff.
在罕见（或模拟），其中被称为真阳性的情况下，此功能将计算选择在任何截止真阳性的数量。

The 'group' can be defined either as the number of the element in 'cD@groups' or as a string which will be partially matched to the names of the 'cD@groups' elements.If group = NULL, then the function looks at the posterior likelihoods that the data have no true differential expression (if calculated).
“本集团”可以定义为元素的'cD@groups'或作为一个将字符串部分匹配的名字'cD@groups'elements.If组= NULL，那么函数看起来在该数据后有没有真正的差异表达（如计算）的似然性。


值----------Value----------

A vector, the ith member of which gives the number of true positives identified if the top i counts are chosen.
一个向量，其中第i个成员给出了选择确定如果我计数的真阳性数。


作者（S）----------Author(s)----------


Thomas J. Hardcastle



参见----------See Also----------

countData
countData


举例----------Examples----------



# See vignette for more examples.[看到更多的例子的小插曲。]

# We load in a `countData' object containing the estimated posterior[我们加载在countData估计后的对象]
# likelihoods of expression (see `getLikelihoods').[表达似然性（看到getLikelihoods“）。]

data(CDPost)

try(stopCluster(cl))

# If the first hundred rows in the 'simData' matrix are known to be[如果第一百“SIMDATA”矩阵行被称为是]
# truly differentially expressed (the second hypothesis defined in the[真正的差异表达（中定义的第二个假设]
# 'groups' list) then we find the number of true positives for the top n[“团体”名单），然后我们发现真阳性数为前n]
# genes selected as the nth member of[被选为第n个成员的基因]

getTPs(CDPost, group = "DE", decreasing = TRUE, TPs = 1:100)


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