R语言 BayesPeak包 plot.bed()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.bed(BayesPeak)
plot.bed()所属R语言包：BayesPeak

                                        Plot bed file.
                                         图床文件。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot the distribution of reads in a .bed file.
绘制的读取的。床上文件中的分布。


用法----------Usage----------


plot.bed(x, chr, start, end, strand = "+", bin = 50L, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
RangedData (from the IRanges package) with a value column entitled "strand". The .bed file to plot. This could have been read in with read.bed, or alternatively by the import function in the rtracklayer library.  
RangedData（从IRanges包）的值列题为"strand"。图。床文件。这可能已经读取read.bed，或者import在rtracklayer库功能。


参数：chr
Character. Chromosome to plot - should be exactly the same as a space in bed.  
字符。染色体图 - 应该作为一个空间bed完全一样。


参数：start, end
Integer. Start and end locations on chromosome.  
整数。开始和结束号染色体上的位置。


参数：strand
Character. Strand to plot - usually either "+" or "-". If the bed argument uses a different convention in its strand column, this can be used instead.  
字符。链图 - 通常不是“+”或“ - ”。如果bed参数使用不同的约定，在其股列，这可以用来代替。


参数：bin
Integer. The width of bin to plot.  
整数。积斌宽度。


参数：...
Additional arguments, passed to hist.  
额外的参数，通过hist。


Details

详情----------Details----------

This function takes the reads in a bed file, and plots a histogram of their locations. This allows us to see the peaks present in the data.
此功能需要的在床上文件读取，并绘制直方图的位置。这让我们看到了数据峰。


值----------Value----------

Plots a histogram on the active graphical device.
绘制直方图上活跃的图形设备。


作者（S）----------Author(s)----------



Jonathan Cairns




参考文献----------References----------

BayesPeak: Bayesian analysis of ChIP-seq data, BMC Bioinformatics 2009, 10:299 doi:10.1186/1471-2105-10-299

参见----------See Also----------

read.bed
read.bed


举例----------Examples----------



dir <- system.file("extdata", package="BayesPeak")
treatment <- file.path(dir, "H3K4me3reduced.bed")
bed <- read.bed(treatment)

##look at region chr16:91000000-94000000[＃看区域chr16 :91000000-94000000]
plot.bed(bed, "chr16", 9.1E7, 9.4E7)

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