R语言 attract包 plotsynexprs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotsynexprs(attract)
plotsynexprs()所属R语言包：attract

                                         Visualizing the Average Expression Profile of a Synexpression Group.
                                         可视化一个Synexpression集团的平均基因表达谱。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function plots the average expression profile for a specific synexpression group.
此功能小区平均特定synexpression组表达谱。


用法----------Usage----------


                plotsynexprs(mySynExpressionSet, tickMarks, tickLabels, vertLines, index=1, ...)



参数----------Arguments----------

参数：mySynExpressionSet
SynExpressionSet object.  
SynExpressionSet对象。


参数：tickMarks
numeric vector of specifying the location of the tick marks along the x-axis. There should be one tick for each cell type or group.  
数字矢量指定刻度的位置，标志着沿x轴。应该有一个不同的单元类型或组刻度线。


参数：tickLabels
character vector specifying the labels to be appear underneath the tick marks on the x-axis. These should correspond to the cell type or group names.  
特征向量指定的标签，将出现下面对x轴的刻度。这些相对应的单元类型或组名称。


参数：vertLines
numeric vector specifying the location of the vertical lines that indicate the cell type or group-specific regions along the x-axis.   
矢量数字表明单元类型或组的特定区域，沿x轴的垂直线指定的位置。


参数：index
numeric value specifying which synexpression group should be plotted.  
指定应绘制synexpression组的数值。


参数：...
additional arguments.  
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

Generic plotting parameters can be passed to this function to create a more sophisticated plot, e.g col="blue", main="Synexpression Group 1".
通用绘图参数可以通过此功能，以创建一个更复杂的图，例如col="blue"，main="Synexpression Group 1"。


值----------Value----------

A plot showing the average expression profile for the synexpression group specified.
显示平均为指定的synexpression组表达谱的一个图。


作者（S）----------Author(s)----------



Jessica Mar




举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(subset.loring.eset)
attractor.states <- findAttractors(subset.loring.eset, "celltype", nperm=10, annotation="illuminaHumanv1.db")
remove.these.genes <- removeFlatGenes(subset.loring.eset, "celltype", contrasts=NULL, limma.cutoff=0.05)
mapk.syn <- findSynexprs("04010", attractor.states, remove.these.genes)
par(mfrow=c(2,2))
pretty.col <- rainbow(3)
for( i in 1:3 ){
        plotsynexprs(mapk.syn, tickMarks=c(6, 28, 47, 60), tickLabels=c("ESC", "PRO", "NSC", "TER"), vertLines=c(12.5, 43.5, 51.5), index=i,
                        main=paste("Synexpression Group ", i, sep=""), col=pretty.col[i])
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。