R语言 attract包 calcInform()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calcInform(attract)
calcInform()所属R语言包：attract

                                         Function calculates the informativeness metric (average MSS) for a set of cluster assignments.
                                         函数计算一组聚类分配的信息量度量（平均MSS）。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function calculates the informativeness metric (average MSS) for a set of cluster assignments.
函数计算一组聚类分配的信息量度量（平均MSS）。


用法----------Usage----------


calcInform(exprs.dat, cl, class.vector)



参数----------Arguments----------

参数：exprs.dat
a matrix of gene expression values.  
matrix基因的表达值。


参数：cl
a vector of cluster assignments.  
vector聚类的任务。


参数：class.vector
a vector specifying the group membership of the samples.  
vector指定样品的组成员。


Details

详情----------Details----------

This function is also called internally by findSynexprs.
此功能也称为内部findSynexprs。


值----------Value----------

A numeric value representing the average MSS value (informativeness metric) for a set of cluster assignments.  For an informative cluster, the RSS values should be very small relative to those produced by the informativeness metric (the MSS values).
MSS值平均为一组聚类分配（信息量公制）的数值。对于一个信息聚类，RSS值应该是很小的相对的信息量度量（MSS值）。


作者（S）----------Author(s)----------



Jessica Mar




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(cluster)
data(subset.loring.eset)
clustObj <- agnes(as.dist(1-t(cor(exprs(subset.loring.eset)))))
cinform.vals <- NULL
for( i in 1:10 ){
        cinform.vals <- c(cinform.vals, calcInform(exprs(subset.loring.eset), cutree(clustObj,i), pData(subset.loring.eset)$celltype))
}
k &lt;- (1:10)[cinform.vals==max(cinform.vals)]                        # gives the optimal number of clusters [给出了最优簇数目]

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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