ColorDendrogram(sparcl)
ColorDendrogram()所属R语言包:sparcl
Color the leaves in a hierarchical clustering dendrogram
颜色的叶子分层聚类树状图
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Pass in the output of "hclust" and a class label for each observation. A colored dendrogram will result, with the leaf colors indicating the classes.
通过在输出“hclust”和对于每个观测一类标签。一种着色的树状图,将导致与叶的颜色表示的类。
用法----------Usage----------
ColorDendrogram(hc, y, main = "", branchlength = 0.7, labels = NULL, xlab = NULL, sub = NULL, ylab = "", cex.main = NULL)
参数----------Arguments----------
参数:hc
The output of running "hclust" on a nxn dissimilarity matrix
一个NxN相异度矩阵的输出运行的“hclust”
参数:y
A vector of n class labels for the observations that were clustered using "hclust". If labels are numeric from 1 to K, then colors will be determine automatically. Otherwise the labels can take the form of colors (e.g. c("red", "red", "orange", "orange")).
一个矢量的N类标签的意见,聚集使用“hclust”。如果标签数字从1到K,然后颜色会自动确定。否则,标签的颜色可以采取的形式(如c(“红”,“红”,“橙”,“橙”))。
参数:main
The main title for the dendrogram.
树状图的主标题。
参数:branchlength
How long to make the colored part of the branches. Adjustment will be needed for each dissimilarity matrix
多长的树枝,使颜色的部分。调整将需要为每个相异度矩阵
参数:labels
The labels for the n observations.
标签的N个观测值。
参数:xlab
X-axis label.
X-轴的标签。
参数:sub
Sub-x-axis label.
分x轴的标签。
参数:ylab
Y-axis label.
Y-轴的标签。
参数:cex.main
The amount by which to enlarge the main title for the figure.
放大的主标题为数字量。
(作者)----------Author(s)----------
Daniela M. Witten and Robert Tibshirani
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
HierarchicalSparseCluster, HierarchicalSparseCluster.permute
HierarchicalSparseCluster,HierarchicalSparseCluster.permute
实例----------Examples----------
# Generate 2-class data[生成2级数据]
set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(100*20),ncol=20)
y <- c(rep(1,50),rep(2,50))
x[y==1,] <- x[y==1,]+2
# Perform hierarchical clustering[执行层次聚类]
hc <- hclust(dist(x),method="complete")
# Plot[图]
ColorDendrogram(hc,y=y,main="My Simulated Data",branchlength=3)
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