phy.dotplot(spacodiR)
phy.dotplot()所属R语言包:spacodiR
EXPERIMENTAL: plotting members of communities (or plots) on a phylogeny
实验:规划上的亲缘关系成员的社区(或曲线)
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
phy.dotplot is used to visually display species membership in communities, generating one plot per community
phy.dotplot使用直观地显示物种的成员在社区,每个社区产生一个图
用法----------Usage----------
phy.dotplot(sp.plot, phy, edge.width = 0.2, lab.adj = c(0, 0), tips.adj = c(0.5, 3), tips.cex = 1.0, pch = 21, print.labs = FALSE, outfile=NULL,...)
参数----------Arguments----------
参数:sp.plot
a community dataset in spacodiR format (see as.spacodi)
社区spacodiR格式的数据集(见as.spacodi)
参数:phy
a phylogenetic tree of class phylo; see read.tree
类的进化树phylo; read.tree
参数:edge.width
a value specifying the thickness of branches on the plotted phylogen(ies)
一个值指定分行的厚度,绘制的phylogen(IES)
参数:lab.adj
a vector of two values, adjusting plotted group names, with respect to the x- and y-axes
两个值的矢量,调整绘制的组名,相对于于x-轴和y轴
参数:tips.adj
a vector of two values, adjusting the position of plotted symbols (referencing the x- and y-axes)
两个值的矢量,调整绘制符号(引用的x-轴和y轴的位置)
参数:tips.cex
a value for character expansion of plotted symbols for present species
绘制字符的值扩大本种的符号
参数:pch
a value for the plotting character for species-presence symbols: see par
物种存在的符号绘制字符的值:见par
参数:print.labs
Boolean; returns array of tip labels, group membership of species, and tree to the console
布尔返回数组的提示标签,组成员的物种,树的控制台
参数:outfile
an optional .pdf file to which to write output
一个可选的PDF格式的文件,将输出写入
参数:...
additional plotting options to be specified
指定额外的绘图选项
Details
详细信息----------Details----------
For several groups (fewer than sixteen, for optimal visibility), this function will generate a plot of phylogenies, group labels for each tree, and symbols demarcating a particular species that is present within the group. This may be useful in visual representations of phylogenetic overdispersion
以下几组(少于16,为达到最佳视觉效果),此功能会产生系统发育,每棵树的组标签和符号划定一个特定的物种,是目前组内的一个图。这可能是有用的可视化表示系统发育偏大
值----------Value----------
A collection of trees (or a single tree), where species present within a predefined group are represented with a dark circle at the tip (if pch=21).
树(或一个单一的树),物种存在于一组预定义的集合代表一个黑圈的尖端(如果pch=21)。
(作者)----------Author(s)----------
Jonathan Eastman
实例----------Examples----------
data(sp.example)
attach(sp.example)
phy.dotplot(sp.plot=spl[,1:9], phy=phy, tips.adj=c(0.50,0.55), lab.adj=c(0,1))
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
|