R语言 spacodiR包 as.phylocom()函数中文帮助文档(中英文对照)

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as.phylocom(spacodiR)
as.phylocom()所属R语言包：spacodiR

                                        converting between data formats for community phylogenetics
                                         数据格式之间的转换，社会系统发育

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

as.phylocom converts from spacodi or picante data formats into phylocom format.
as.phylocomspacodi或picantephylocom格式的数据格式转换成转换。


用法----------Usage----------


as.phylocom(data, picante=FALSE, outfile = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：data
a community dataset in either spacodiR or picante format (with species as row names and plots as column names or vice versa)
社区中的数据集是spacodiR或picante格式（行名和列名的图，反之亦然作为物种）


参数：picante
Boolean; if current data format is spacodi, argument should be picante=FALSE; otherwise, format is assumed to be for picante, with plots as row names
布尔值;，如果目前的数据格式是spacodi，参数应该是picante=FALSE;否则，格式假设是picante，图行名称


参数：outfile
an optional text file to which to write output
一个可选的文本文件，将输出写入


Details

详细信息----------Details----------

This utility converts a species-by-plots matrix into triplet format, which is readable by the external program phylocom. If picante=TRUE, the data are expected to be in the form used for picante (i.e., a plots-by-species matrix; picante-package).  If the user selects  picante=FALSE, the data are expected to be in the form used for spacodiR (i.e., a species-by-plots matrix). The user has the option to save an output file, defined by outfile.
此实用程序将一个物种的图矩阵triplet格式，这是由外部程序phylocom可读的。 picante=TRUE如果，数据预计将用于picante（即，一个图种矩阵的形式，“picante-package”）。如果用户选择picante=FALSE，该数据预计将用于spacodiR（即一个物种的图矩阵）的形式。用户可以选择保存输出文件中所定义的outfile。


值----------Value----------

A named array, formatted for use in phylocom; note that while the R-object returned by this function has column names, if output is written to a file,
命名的阵列中使用的格式phylocom;注意，而R-对象，这个函数返回的列名，如果输出写入到一个文件中，


（作者）----------Author(s)----------


Jonathan Eastman



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>  <code>as.spacodi</code> and <code>as.picante</code> for converting between <code>phylocom</code>  and <code>SPACoDi</code> formats; see <code>picante-package</code>

实例----------Examples----------


# call example data from SPACoDi[呼叫例如从SPACoDi的数据]
data(sp.example)
attach(sp.example)
spl->d.spacodi  
d.spacodi ## SPACoDi format[＃SPACoDi格式]

# convert to phylocom[转换到Phylocom的]
as.phylocom(data=spl, picante=FALSE)->d.phylocom
d.phylocom ## phylocom format[＃Phylocom的格式]

# convert dataset to picante[转换数据集的Picante的]
as.picante(data=d.phylocom)->d.picante
d.picante ## picante format[＃Picante的格式]

# convert back to SPACoDi [转换回SPACoDi]
as.spacodi(data=d.picante)


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