R语言 SPA3G包 KERNEL()函数中文帮助文档(中英文对照)

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KERNEL(SPA3G)
KERNEL()所属R语言包：SPA3G

                                         Calculate Kernel Matrix
                                         计算核矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function for calculating the kernel matrix using genotype data
使用基因型数据计算核矩阵的功能


用法----------Usage----------


KERNEL(G, weight)



参数----------Arguments----------

参数：G
matrix: genotypes of SNP markers in one gene.
矩阵：在一个基因的SNP标记基因型。


参数：weight
numerical vector: prior weight for each marker
每个标记的数值先验的权重向量：


值----------Value----------

KERNEL function returns a kernel (similarity) matrix.   
内核函数返回一个内核矩阵（相似）。


实例----------Examples----------




## The function is currently defined as[＃功能目前被定义为]
function (G, weight)
{
    if (length(dim(G)) == 0) {
        size <- length(G)
        k <- matrix(1, size, size)
        for (i in 1size - 1)) {
            j <- seq(1, i, 1)
            remain <- G[-j]
            Ones <- matrix(1, length(remain), 1)
            leading <- Ones * G[i]
            D <- abs(remain - leading)
            AM <- D
            AM[AM == 0] <- 4
            AM[AM == 2] <- 0
            AM[AM == 1] <- 2
            AM[remain == 1 &amp; leading == 1] <- 2
            k[i, (i + 1):size] <- k[(i + 1):size, i] <- AM *
                weight/sum(4 * weight)
        }
    }
    if (length(dim(G)) > 0) {
        size <- nrow(G)
        k <- matrix(1, size, size)
        for (i in 1size - 1)) {
            j <- seq(1, i, 1)
            if (i < (size - 1)) {
                remain = as.matrix(G[-j, ])
            }
            if (i == (size - 1)) {
                remain <- t(as.matrix(G[-j, ]))
            }
            Ones <- matrix(1, nrow(remain), 1)
            leading <- Ones %*% G[i, ]
            D <- abs(remain - leading)
            AM <- as.matrix(D)
            AM[AM == 0] <- 4
            AM[AM == 2] <- 0
            AM[AM == 1] <- 2
            AM[remain == 1 &amp; leading == 1] <- 2
            k[i, (i + 1):size] <- k[(i + 1):size, i] <- AM %*%
                weight/sum(4 * weight)
        }
    }
    return(k)
}

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。