R语言 SNPRelate包 snpgdsPCASNPLoading()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

snpgdsPCASNPLoading(SNPRelate)
snpgdsPCASNPLoading()所属R语言包：SNPRelate

                                         SNP loadings in principal component analysis
                                         在主成分分析的SNP负荷

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To calculate the SNP loadings in Principal Component Analysis
在主成分分析中要计算SNP负荷


用法----------Usage----------


snpgdsPCASNPLoading(pcaobj, gdsobj, num.thread = 1, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：pcaobj
the snpgdsPCAClass object returned from the function snpgdsPCA
的snpgdsPCAClass返回的对象的功能snpgdsPCA


参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：num.thread
the number of CPU cores used
CPU核心的数量


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


Details

详细信息----------Details----------

Calculate the SNP loadings (or SNP eigenvectors) from the principal component analysis conducted in snpgdsPCA.
计算SNP负荷（或SNP特征向量）的主成分分析法进行snpgdsPCA。


值----------Value----------

Return a snpgdsPCASNPLoading object, which is a list:
返回snpgdsPCASNPLoading对象，这是一个列表：


参数：sample.id
the sample ids used in the analysis
在分析中使用的样品的id


参数：snp.id
the SNP ids used in the analysis
在分析中使用的SNP ID的


参数：eigenval
eigenvalues
特征值


参数：snploading
the SNP loadings, or SNP eigenvectors
SNP负荷，或SNP特征向量


参数：TraceXTX
the trace of the genetic covariance matrix
遗传协方差矩阵的痕迹


参数：Bayesian
whether use bayerisan normalization
是否使用bayerisan的标准化


参数：avefreq
the allele frequency used in snpgdsPCA
利用等位基因频率使用snpgdsPCA


参数：scale
internal parameter
内部参数


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

snpgdsPCA, snpgdsPCASampLoading, snpgdsPCACorr
snpgdsPCA，snpgdsPCASampLoading，snpgdsPCACorr


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

PCARV <- snpgdsPCA(genofile, eigen.cnt=8)
SnpLoad <- snpgdsPCASNPLoading(PCARV, genofile)

names(SnpLoad)
# [1] "sample.id"  "snp.id"     "eigenval"   "snploading" "TraceXTX"[[1]“sample.id”snp.id的“的”eigenval“”snploading“TraceXTX”]
# [6] "Bayesian"   "avefreq"    "scale"[[6]“贝叶斯”avefreq“，”规模“]
dim(SnpLoad$snploading)
# [1]     8 8722[[1] 8 8722]

plot(SnpLoad$snploading[1,], type="h", ylab="PC 1")

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。