R语言 SNPRelate包 snpgdsLDpair()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

snpgdsLDpair(SNPRelate)
snpgdsLDpair()所属R语言包：SNPRelate

                                         Linkage Disequilibrium (LD)
                                         连锁不平衡（LD）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Return a LD value between snp1 and snp2.
返回一个的LD值之间SNP1和SNP2。


用法----------Usage----------


snpgdsLDpair(snp1, snp2, method = c("composite", "r", "dprime", "corr"))



参数----------Arguments----------

参数：snp1
a vector of SNP genotypes (0 – BB, 1 – AB, 2 – AA)
一个向量的SNP基因型（0  -  BB，1  -  2  -  AB，AA）


参数：snp2
a vector of SNP genotypes (0 – BB, 1 – AB, 2 – AA)
一个向量的SNP基因型（0  -  BB，1  -  2  -  AB，AA）


参数：method
"composite", "r", "dprime", "corr", see details
“复合”，“R”，“dprime”，“校正”，查看详情


Details

详细信息----------Details----------

Four methods can be used to calculate linkage disequilibrium values: "composite" for LD composite measure, "r" for r square, "dprime" for D', and "corr" for correlation coefficient. The method "corr" is equivalent to "composite", when SNP genotypes are coded as: 0 – BB, 1 – AB, 2 – AA.
有四种方法可以用来计算连锁不平衡值：“复合”LD综合衡量，R平方为“R”，“Ddprime”，和“校正”的相关系数。 “校正”的方法是相当于“复合”，SNP基因型时，被编码为：0  -  AB，BB，1  -  2  -  AA。


值----------Value----------

A measure of linkage disequilibrium.
的连锁不平衡的措施。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------



in Feldman MW (ed): Mathematical Evolutionary Theory. Princeton, NJ: Princeton University Press, 1989.

参见----------See Also----------

snpgdsLDMat, snpgdsLDpruning
snpgdsLDMat，snpgdsLDpruning


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

snp1 <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "genotype"), start=c(1,1), count=c(1,-1))
snp2 <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "genotype"), start=c(2,1), count=c(1,-1))

snpgdsLDpair(snp1, snp2)

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。