R语言 SNPRelate包 snpgdsGDS2PED()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsGDS2PED(SNPRelate)
snpgdsGDS2PED()所属R语言包：SNPRelate

                                        Conversion from GDS to PED
                                         从GDS转换PED

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convert a GDS file to a PLINK ped file.
转换一个GDS的文件到PLINK PED文件。


用法----------Usage----------


snpgdsGDS2PED(gdsobj, ped.fn, sample.id=NULL, snp.id=NULL, use.snp.rsid=TRUE,
        verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：ped.fn
the file name of output
输出的文件名


参数：sample.id
a vector of sample id specifying selected samples; if NULL, all samples are used
一个向量的样品ID指定选取的样本，如果为NULL，所有样本都


参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP


参数：use.snp.rsid
if TRUE, use "snp.rs.id" instead of "snp.id" if available
如果为TRUE，使用“snp.rs.id的”，而不是“snp.id”如果有


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


Details

详细信息----------Details----------

GDS – Genomic Data Structures, the extended file name used for storing genetic data, and the file format used in the gdsfmt package.
GDS  - 基因组数据结构，用于储存遗传数据，文件的扩展名和文件格式，用于在gdsfmt包。

PED – the PLINK text ped format.
PED  -  PLINK的文字PED格式。


值----------Value----------

None.
无。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------

de Bakker PIW, Daly MJ &amp; Sham PC. 2007. PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis. American Journal of Human Genetics, 81.


参见----------See Also----------

snpgdsGDS2Eigen
snpgdsGDS2Eigen


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

snpset <- snpgdsSelectSNP(genofile, missing.rate=0.95)
snpgdsGDS2PED(genofile, ped.fn="tmp", snp.id=snpset)

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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