R语言 SNPRelate包 snpgdsGDS2Eigen()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsGDS2Eigen(SNPRelate)
snpgdsGDS2Eigen()所属R语言包：SNPRelate

                                        Conversion from GDS to Eigen (EIGENSTRAT)
                                         从GDS转换征（EIGENSTRAT）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convert a GDS file to an EIGENSTRAT file.
转换GDS的文件到一个EIGENSTRAT的文件。


用法----------Usage----------


snpgdsGDS2Eigen(gdsobj, eigen.fn, sample.id=NULL, snp.id=NULL, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：eigen.fn
the file name of EIGENSTRAT
的文件名EIGENSTRAT


参数：sample.id
a vector of sample id specifying selected samples; if NULL, all samples are used
一个向量的样品ID指定选取的样本，如果为NULL，所有样本都


参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


Details

详细信息----------Details----------

GDS – Genomic Data Structures, the extended file name used for storing genetic data, and the file format used in the gdsfmt package.
GDS  - 基因组数据结构，用于储存遗传数据，文件的扩展名和文件格式，用于在gdsfmt包。

Eigen – the text format used in EIGENSTRAT.
艾根 - 文本格式在EIGENSTRAT使用。


值----------Value----------

None.
无。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------


Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies. Nat Genet. 38, 904-909.


参见----------See Also----------

snpgdsGDS2PED
snpgdsGDS2PED


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

snpset <- snpgdsSelectSNP(genofile, missing.rate=0.95)
snpgdsGDS2Eigen(genofile, eigen.fn="tmpeigen", snp.id=snpset)

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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