R语言 SNPRelate包 snpgdsCombineGeno()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsCombineGeno(SNPRelate)
snpgdsCombineGeno()所属R语言包：SNPRelate

                                         Merge SNP datasets
                                         合并SNP数据集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To merge GDS files of SNP genotypes into a single GDS file
GDS文件合并成一个单一的GDS文件的SNP基因型


用法----------Usage----------


snpgdsCombineGeno(gds.fn, out.fn, sample.id=NULL, snpobj=NULL, name.prefix=NULL,
        snpfirstorder=TRUE, compress.annotation="ZIP.MAX", compress.geno="",
        other.vars=NULL, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：gds.fn
a list of SNP GDS files to be merged
SNP GDS的列表文件要合并


参数：out.fn
the name of output GDS file
输出GDS文件的名称


参数：sample.id
NULL, or a list. If it is a list, specify sample ids for each SNP GDS file
NULL，或列表。如果它是一个列表，指定样品ID为每个SNP GDS文件


参数：snpobj
specify a snpgdsSNPListClass object, used for strand switch; if NULL, the strand information of the first SNP GDS file is used
指定snpgdsSNPListClass对象，用于链开关，如果为NULL，链的第一个SNP GDS文件信息


参数：name.prefix
NULL, a character vector (added to sample ids for each GDS file)
NULL，字符向量（每个GDS文件添加到样品标识）


参数：snpfirstorder
if TRUE, genotypes are stored in the individual-major mode, (i.e, list all SNPs for the first individual, and then list all SNPs for the second individual, etc)
如果为TRUE，个别主要的模式，（即，列表全部的SNPs的第一个体中，和然后列出所有的单核苷酸多态性的第二单个等被存储在基因型）


参数：compress.annotation
the compression method for the variables except genotype
的压缩方法的变量除了genotype


参数：compress.geno
the compression method for the variable genotype
的压缩方法的变量genotype


参数：other.vars
a list object storing other variables
存储其他变量的一个列表对象


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


Details

详细信息----------Details----------

The typical variables specified in other.vars are “sample.annot” and “snp.annot”, which are data.frame objects.
典型的变量指定在other.vars是“sample.annot”和“snp.annot”，这是数据框对象。


值----------Value----------

None.
无。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参见----------See Also----------

snpgdsCreateGeno, snpgdsCreateGenoSet
snpgdsCreateGeno，snpgdsCreateGenoSet


实例----------Examples----------


# get the file name of a gds file[得到的GDS文件的文件名]
fn <- snpgdsExampleFileName()



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