R语言 SNPassoc包 getSignificantSNPs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getSignificantSNPs(SNPassoc)
getSignificantSNPs()所属R语言包：SNPassoc

                                        Extract significant SNPs from an object of class 'WGassociation'
                                         提取显著单核苷酸多态性对象类的WGassociation

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extract significant SNPs from an object of class 'WGassociation' when genomic
提取显著的单核苷酸多态性从类的WGassociation“的对象时，基因组


用法----------Usage----------


getSignificantSNPs(x, chromosome, model, sig = 1e-15)



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class 'WGassociation'
对象类的WGassociation“


参数：chromosome
chromosome from which SNPs are extracted
从染色体的SNP提取


参数：model
genetic model from which SNPs are extracted
从单核苷酸多态性中提取的遗传模型


参数：sig
statistical significance level. The default is 1e-15
统计显着性水平。默认是1e-15


值----------Value----------

A list with the following components: <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>names</td> <td> the name of SNPs</td></tr> <tr valign="top"><td>column</td> <td> the columns corresponding to the SNPs in the original data frame</td></tr> </table> ...
有以下组件的列表：<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> names </ TD> <TD>的单核苷酸多态性的名称</ TD> </ TR > <tr valign="top"> <TD> column </ TD> <TD>的单核苷酸多态性在原始数据框对应的列</ TD> </ TR> </表> ...


参见----------See Also----------

WGassociation
WGassociation


实例----------Examples----------


data(HapMap)
# resHapMap contains the results for a log-additive genetic model[resHapMap包含一个数加性遗传模型的结果]

# to get the significant SNPs for chromosome 12[得到了显着的12号染色体上的单核苷酸多态性]
getSignificantSNPs(resHapMap,chromosome=12)
# to get the significant SNPs for chromosome 5[得到了显着的5号染色体的单核苷酸多态性]
getSignificantSNPs(resHapMap,5)
# to get the significant SNPs for chromosome X at level 1e-8[1E-8水平得到了显着的X染色体上的单核苷酸多态性]
getSignificantSNPs(resHapMap,5,sig=1e-8)


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