GenomicControl(SNPassoc)
GenomicControl()所属R语言包:SNPassoc
Population substructure
人口下部结构
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function estimates an inflation (or deflation) factor, lambda, as indicated in the paper by Devlin et al. (2001) and corrects the p-values using this factor.
此功能估计通货膨胀(或通货紧缩)的因素,λ的文件,如Devlin等人。 (2001)和校正使用此因子的p-值。
用法----------Usage----------
GenomicControl(x, snp.sel)
参数----------Arguments----------
参数:x
an object of class 'WGassociation'.
对象类的WGassociation。
参数:snp.sel
SNPs used to compute lambda. Not required.
单核苷酸多态性来计算的lambda。不是必需的。
Details
详细信息----------Details----------
This method is only valid for 2x2 tables. This means that the object of class 'WGassociation' might not have fitted the codominant model.
这种方法只适用于2x2表。这意味着该对象可能没有类别WGassociation嵌合的共显性模型。
See reference for further details.
为进一步详情,请参阅参考。
值----------Value----------
The same object of class 'WGassociation' where the p-values have been corrected for genomic control.
同一个对象类的WGassociation的基因组控制的p值已得到纠正。
参考文献----------References----------
Genetic Epidemiology (2001) 21:273-84
参见----------See Also----------
qqpval, WGassociation
qqpval,WGassociation
实例----------Examples----------
data(SNPs)
datSNP<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="")
res<-scanWGassociation(casco,datSNP,model=c("do","re","log-add"))
# Genomic Control [基因控制]
resCorrected<-GenomicControl(res)
plot(resCorrected)
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