modulefunctions(arrayQualityMetrics)
modulefunctions()所属R语言包：arrayQualityMetrics
Functions for computing quality report modules.
计算质量报告模块的功能。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions produce objects of class aqmReportModule representing the various modules of the quality report. Given a list of modules, the report is then rendered by the aqm.writereport function.
这些功能产生的类对象aqmReportModule代表各个模块的质量报告。由于一个模块列表，然后呈现aqm.writereport功能。
用法----------Usage----------
aqm.boxplot(x, subsample=20000, outlierMethod = "KS")
aqm.density(x)
aqm.heatmap(x)
aqm.pca(x)
aqm.maplot(x, subsample=20000, Dthresh=0.15)
aqm.spatial(x, scale="rank", channels = c("M", "R", "G"))
aqm.meansd(x)
aqm.probesmap(x)
# Affymetrix specific sections
aqm.pmmm(x)
aqm.rnadeg(expressionset, x)
aqm.rle(x, outlierMethod = "KS")
aqm.nuse(x, outlierMethod = "upperquartile")
参数----------Arguments----------
参数：x
An object resulting from a call to prepdata(expressionset).
导致调用prepdata(expressionset)从一个对象。
参数：expressionset
An object of class AffyBatch.
对象类AffyBatch。
参数：subsample
For efficiency, some computations are performed not on the full set of features (which can be hundreds of thousands on some arrays), but on a randomly subset whose size is indicated by this number.
为了提高效率，进行一些计算上没有一套完整的功能（可以是数以十万计某些阵列），但对一个随机子集，其大小是由这个数字表示。
参数：outlierMethod
As in outliers.
至于outliers。
参数：Dthresh
In maplot, the arrays with a Hoeffding D statistic larger than this value are called outliers. See also hoeffd.
在maplot，与Hoeffdingð统计比这个值大的阵列被称为离群。还可以看hoeffd。
参数：scale, channels
In aqm.spatial, scale determines the choice of the false colour scale in the spatial plots. If the value is "rank", then the colour is proportional to the ranks of the values; if it is "direct", then it is proportional to the values themselves. channels determines for which elements of x spatial plots are made.
在aqm.spatial，scale决定在假彩色空间图规模的选择。如果该值是"rank"，然后颜色是成正比的行列值，如果它是"direct"，然后它是成正比的值本身。 channels决定元素x空间图。
Details
详情----------Details----------
For a simple example of the aqm.* functions, have a look at the source code of the aqm.pca function. Please see also the vignette Advanced topics: Customizing arrayQualityMetrics
对于aqm.*功能简单的例子，看看aqm.pca函数的源代码。请同时参阅暗角的高级主题：自arrayQualityMetrics
值----------Value----------
An object of class aqmReportModule.
对象类aqmReportModule。
作者（S）----------Author(s)----------
Audrey Kauffmann, Wolfgang Huber
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注：
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发表于 2012-2-25 12:09:27
