magetab2bioc(ArrayExpress)
magetab2bioc()所属R语言包：ArrayExpress
Convert MAGE-TAB files from raw data into a Bioconductor object
成Bioconductor对象转换从原始数据的MAGE-TAB文件
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
magetab2bioc converts local MAGE-TAB files into a AffyBatch, an ExpressionSet or a NChannelSet.
magetab2bioc转换成AffyBatch，一个ExpressionSet或1 NChannelSet当地的MAGE-TAB文件。
用法----------Usage----------
magetab2bioc(files, rawcol = NULL, save = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：files
A list as given from getAE function. Containing the following elements:
一个getAE功能列表。包含以下内容：
rawfilesall the expression files to use to create the object. The content of the raw.zip MAGE-TAB file.
rawfilesall表达的文件，使用它来创建对象。的raw.zip的MAGE-TAB文件的内容。
sdrfthe name of the sdrf file from MAGE-TAB.
sdrfthe sdrf的MAGE-TAB文件的名称。
idfthe name of the idf file from MAGE-TAB.
idfthe姓名的以色列国防军的MAGE-TAB文件。
adfthe name of the adf file from MAGE-TAB.
从ADF文件的MAGE-TAB adfthe名称。
pathis the name of the directory containing these files.
pathis包含这些文件的目录的名称。
参数：rawcol
by default, the columns are automatically selected according to the scanner type. If the scanner is unknown or if the user wants to use different columns than the default, the argument 'rawcol' can be set. For two colour arrays it must be a list with the fields 'R', 'G', 'Rb' and 'Gb' giving the column names to be used for red and green foreground and background. For one colour arrays, it must be a character string with the column name to be used. These column names must correspond to existing column names of the expression files.
默认情况下，列自动选择扫描仪类型。如果扫描仪是未知的，或者如果用户要使用不同的列比默认，可以设置参数rawcol“。两种颜色的阵列，它必须是一个领域的“R”的名单，“G”，“铷和GB给列使用的名称为红色和绿色的前景和背景。一个颜色数组，它必须是一个字符串，要使用的列名。这些列名必须符合现有的列名，表达文件。
参数：save
if TRUE, the files used to create the object will not be deleted from path after executing the function.
如果为TRUE，用于创建对象的文件不会被删除后从路径执行功能。
值----------Value----------
An object of class AffyBatch, ExpressionSet or NChannelSet with the raw expression values in the 'assayData' of the object, the information contained in the sdrf file in the 'phenoData', the adf file content in the 'featureData' and the idf file content in the 'experimentData'.
一个类的对象AffyBatch，ExpressionSet或NChannelSet与assayData对象的原始表达式的值，包含的信息在sdrf文件在“phenoData”，ADF在“featureData”和IDF文件的内容在“experimentData”的文件内容。
If several array designs are used in the dataset, the output is a list with an object for each array design.
如果几个阵列设计中使用的数据集，输出的是一个与每个阵列设计的对象名单。
作者（S）----------Author(s)----------
Audrey Kauffmann
Maintainer: <kauffmann@bergonie.org>
参见----------See Also----------
ArrayExpress, queryAE,
ArrayExpress，queryAE
举例----------Examples----------
# An example can be found in the help of the getAE function.[一个例子可以发现在的getAE功能的帮助。]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 12:08:28
