gplot3d.layout(sna)
gplot3d.layout()所属R语言包：sna
Vertex Layout Functions for gplot3d
顶点布局的功能gplot3d
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Various functions which generate vertex layouts for the gplot3d visualization routine.
生成顶点gplot3d可视化常规布局的各种功能。
用法----------Usage----------
gplot3d.layout.adj(d, layout.par)
gplot3d.layout.eigen(d, layout.par)
gplot3d.layout.fruchtermanreingold(d, layout.par)
gplot3d.layout.geodist(d, layout.par)
gplot3d.layout.hall(d, layout.par)
gplot3d.layout.kamadakawai(d, layout.par)
gplot3d.layout.mds(d, layout.par)
gplot3d.layout.princoord(d, layout.par)
gplot3d.layout.random(d, layout.par)
gplot3d.layout.rmds(d, layout.par)
gplot3d.layout.segeo(d, layout.par)
gplot3d.layout.seham(d, layout.par)
参数----------Arguments----------
参数：d
an adjacency matrix, as passed by gplot3d.
邻接矩阵，通过gplot3d。
参数：layout.par
a list of parameters.
的参数的列表。
Details
详细信息----------Details----------
Like gplot, gplot3d allows for the use of arbitrary vertex layout algorithms via the gplot3d.layout.* family of routines. When called, gplot3d searches for a gplot3d.layout function whose third name matches its mode argument (see gplot3d help for more information); this function is then used to generate the layout for the resulting plot. In addition to the routines documented here, users may add their own layout functions as needed. The requirements for a gplot3d.layout function are as follows: <ol> the first argument, d, must be the (dichotomous) graph adjacency matrix;
gplot，gplot3d允许使用任意顶点布局算法，通过gplot3d.layout.*系列例程。当被调用时，gplot3d搜索的gplot3d.layout函数的第三个名字符合其mode参数（见gplot3d帮助的详细信息）;此功能用于生成布局的图。除了这里记录的例程，根据需要，用户可以添加其自己的布局功能。一个gplot3d.layout功能的要求如下：<OL>的第一个参数，d，必须是图的邻接矩阵（二分）;
the second argument, layout.par, must be a list of parameters (or NULL, if no parameters are specified); and
第二个参数，layout.par，必须是一个参数列表（或NULL，如果没有指定任何参数）;
the return value must be a real matrix of dimension c(3,NROW(d)), whose rows contain the vertex coordinates. </ol> Other than this, anything goes. (In particular, note that layout.par could be used to pass additional matrices, if needed.)
返回值必须是一个真正的矩阵尺寸的c(3,NROW(d))，其行包含的顶点坐标。 </ OL>除此之外，任何事情都会发生。 （特别要注意的是layout.par可以用来传递额外的矩阵，如果需要的话。）
The gplot3d.layout functions currently supplied by default are as follows:
gplot3d.layout目前默认提供的功能如下：
eigen This function places vertices based on the eigenstructure of the adjacency matrix. It takes the following arguments:
本征顶点的邻接矩阵的特征结构的基础上，此功能的地方。它采用下列参数：
layout.par\$var This argument controls the matrix to be used for the eigenanalysis. "symupper", "symlower", "symstrong", "symweak" invoke symmetrize on d with the respective symmetrizing rule. "user" indicates a user-supplied matrix (see below), while "raw" indicates that d should be used as-is. (Defaults to "raw".)
layout.par \ $ var该参数控制矩阵的特征分析要用于。 "symupper"，"symlower"，"symstrong"，"symweak"调用symmetrized各自的对称化规则。 "user"表示用户提供的矩阵（见下文），而"raw"d应作为，是。 （缺省值到"raw"。）
layout.par\$evsel If "first", the first three eigenvectors are used; if "size", the three eigenvectors whose eigenvalues have the largest magnitude are used instead. Note that only the real portion of the associated eigenvectors is used. (Defaults to "first".)
layout.par evsel \ $如果"first"，前三个特征向量被使用;如果"size"，其特征值具有最大幅值的三个特征向量被代替。请注意，只有相关的特征向量的实部。 （缺省值到"first"。）
layout.par\$mat If layout.par\$var=="user", this matrix is used for the eigenanalysis. (No default.)
layout.par \ $垫，如果layout.par\$var=="user"，该矩阵被用于的特征分析。 （无缺省值）。
fruchtermanreingold This function generates a layout using a variant of Fruchterman and Reingold's force-directed placement algorithm. It takes the following arguments:
fruchtermanreingold此功能使用的FRUCHTERMAN莱因戈尔德力的布局算法的一个变种生成的布局。它采用下列参数：
layout.par\$niter This argument controls the number of iterations to be employed. (Defaults to 300.)
layout.par \ $硝此参数控制被雇用的迭代次数。 （默认为300）。
layout.par\$max.delta Sets the maximum change in position for any given iteration. (Defaults to NROW(d).)
layout.par \ $ max.delta设置为任何给定的迭代中的位置的最大变化量。 （缺省值到NROW(d)。）
layout.par\$volume Sets the "volume" parameter for the F-R algorithm. (Defaults to NROW(d)^3.)
layout.par \ $卷集“卷”的FR算法的参数。 （缺省值到NROW(d)^3。）
layout.par\$cool.exp Sets the cooling exponent for the annealer. (Defaults to 3.)
layout.par \ $ cool.exp设置的退火的冷却指数。 （默认值为3）。
layout.par\$repulse.rad Determines the radius at which vertex-vertex repulsion cancels out attraction of adjacent vertices. (Defaults to volume*NROW(d).)
“layout.par \ $ repulse.rad确定的半径在的顶点顶点排斥取消相邻顶点的吸引力。 （缺省值到volume*NROW(d)。）
layout.par\$seed.coord A three-column matrix of initial vertex coordinates. (Defaults to a random spherical layout.)
layout.par \ $ seed.coord一个三列的矩阵的初始顶点坐标。 （默认任意球布局。）
hall This function places vertices based on the last three eigenvectors of the Laplacian of the input matrix (Hall's algorithm). It takes no arguments.
大厅这个函数的地方顶点根据最后三个特征向量输入矩阵的拉普拉斯算子（霍尔的算法）。它不带任何参数。
kamadakawai This function generates a vertex layout using a version of the Kamada-Kawai force-directed placement algorithm. It takes the following arguments:
kamadakawai这个函数生成一个顶点布局，使用一个版本的镰田川井力导向布局算法。它采用下列参数：
layout.par\$niter This argument controls the number of iterations to be employed. (Defaults to 1000.)
layout.par \ $硝此参数控制被雇用的迭代次数。 （默认为1000）。
layout.par\$sigma Sets the base standard deviation of position change proposals. (Defaults to NROW(d)/4.)
layout.par \ $西格玛设置基本标准偏差，位置变化的建议。 （缺省值到NROW(d)/4。）
layout.par\$initemp Sets the initial "temperature" for the annealing algorithm. (Defaults to 10.)
layout.par \ $ initemp设置退火算法最初的“温度”。 （默认为10）。
layout.par\$cool.exp Sets the cooling exponent for the annealer. (Defaults to 0.99.)
layout.par \ $ cool.exp设置的退火的冷却指数。 （默认为0.99）。
layout.par\$kkconst Sets the Kamada-Kawai vertex attraction constant. (Defaults to NROW(d)^3.)
layout.par \ $ kkconst设置的镰田川井顶点的引力常数。 （缺省值到NROW(d)^3。）
layout.par\$elen Provides the matrix of interpoint distances to be approximated. (Defaults to the geodesic distances of d after symmetrizing, capped at sqrt(NROW(d)).)
layout.par \ $ ELEN提供近似的矩阵INTERPOINT距离。 （默认值的测量距离d对称后，上限为sqrt(NROW(d))。）
layout.par\$seed.coord A three-column matrix of initial vertex coordinates. (Defaults to a gaussian layout.)
layout.par \ $ seed.coord一个三列的矩阵的初始顶点坐标。 （默认设置到高斯的布局。）
mds This function places vertices based on a metric multidimensional scaling of a specified distance matrix. It takes the following arguments:
MDS此功能的基础上指定的距离矩阵度量多维标度的地方顶点。它采用下列参数：
layout.par\$var This argument controls the raw variable matrix to be used for the subsequent distance calculation and scaling. "rowcol", "row", and "col" indicate that the rows and columns (concatenated), rows, or columns (respectively) of d should be used. "rcsum" and "rcdiff" result in the sum or difference of d and its transpose being employed. "invadj" indicates that max{d}-d should be used, while "geodist" uses geodist to generate a matrix of geodesic distances from d. Alternately, an arbitrary matrix can be provided using "user". (Defaults to "rowcol".)
layout.par \ $ var该参数控制原料的变量矩阵被用于随后的距离计算和缩放。 "rowcol"，"row"和"col"的行和列（串联），行或列（分别）d应该使用。 "rcsum"和"rcdiff"d和它的转置被雇用的和或差结果。 "invadj"max{d}-d应使用的，而"geodist"使用geodist的从d生成矩阵的测量距离。另外，任意矩阵可以提供使用"user"。 （缺省值到"rowcol"。）
layout.par\$dist The distance function to be calculated on the rows of the variable matrix. This must be one of the method parameters to dist ("euclidean", "maximum", "manhattan", or "canberra"), or else "none". In the latter case, no distance function is calculated, and the matrix in question must be square (with dimension dim(d)) for the routine to work properly. (Defaults to "euclidean".)
layout.par \ $ dist该距离的函数来进行计算的变量矩阵的行上。这必须是一个method（dist，"euclidean"，"maximum"或"manhattan"），否则<X"canberra"参数>。在后者的情况下，没有距离的函数来计算，和问题中的矩阵必须是正方形的（维度"none"）的例程，以正常工作。 （缺省值到dim(d)。）
layout.par\$exp The power to which distances should be raised prior to scaling. (Defaults to 2.)
layout.par \ $进出口的权力距离应提高缩放。 （默认为2）。
layout.par\$vm If layout.par\$var=="user", this matrix is used for the distance calculation. (No default.)
layout.par \ $的vm如果layout.par\$var=="user"，该矩阵用于所述距离计算。 （无缺省值）。
Note: the following layout functions are based on mds:
注意：下面的布局功能的基础上mds：
adj scaling of the raw adjacency matrix, treated as similarities (using "invadj").
调整缩放原始的邻接矩阵，视为相似之处（使用"invadj"，）。
geodist scaling of the matrix of geodesic distances.
测量距离矩阵geodist缩放。
rmds euclidean scaling of the rows of d.
RMDS欧几里得缩放行d。
segeo scaling of the squared euclidean distances between row-wise geodesic distances (i.e., approximate structural equivalence).
segeo缩放之间行明智的测量距离的（即近似的结构等价）的平方欧氏距离。
seham scaling of the Hamming distance between rows/columns of d (i.e., another approximate structural equivalence scaling).
seham缩放d（即，另一个近似结构等价缩放的行/列）之间的海明距离。
princoord This function places vertices based on the eigenstructure of a given correlation/covariance matrix. It takes the following arguments:
princoord此功能将根据一个给定的相关性/协方差矩阵的特征结构的顶点。它采用下列参数：
layout.par\$var The matrix of variables to be used for the correlation/covariance calculation. "rowcol", "col", and "row" indicate that the rows/cols, columns, or rows (respectively) of d should be employed. "rcsum" "rcdiff" result in the sum or difference of d and t(d) being used. "user" allows for an arbitrary variable matrix to be supplied. (Defaults to "rowcol".)
layout.par \ $ var目录被用于相关/协方差计算的矩阵的变量。 "rowcol"，"col"和"row"行/列，列，或行分别d应采用。 "rcsum""rcdiff" d和t(d)正在使用的和或差的。 "user"允许以供给的任意变量矩阵。 （缺省值到"rowcol"。）
layout.par\$cor Should the correlation matrix (rather than the covariance matrix) be used? (Defaults to TRUE.)
layout.par \ $对应的相关系数矩阵（而不是协方差矩阵）？ （缺省值到TRUE。）
layout.par\$vm If layout.par\$var=="user", this matrix is used for the correlation/covariance calculation. (No default.)
layout.par \ $ vm的，如果layout.par\$var=="user"，该矩阵的相关/协方差计算用于。 （无缺省值）。
random This function places vertices randomly. It takes the following argument:
此功能随机地随机的顶点。它采用下列参数：
layout.par\$dist The distribution to be used for vertex placement. Currently, the options are "unif" (for uniform distribution on the unit cube), "uniang" (for a “gaussian sphere” configuration), and "normal" (for a straight Gaussian distribution). (Defaults to "unif".)
layout.par \ $区的分布，用于顶点位置。目前，该选项是"unif"（单位立方体上均匀分布），"uniang"一个的“高斯领域”配置为，和"normal"（直高斯分布）。 （缺省值到"unif"。）
值----------Value----------
A matrix whose rows contain the x,y,z coordinates of the vertices of d.
矩阵的行中包含X，Y，Z坐标的顶点的d。
（作者）----------Author(s)----------
Carter T. Butts <a href="mailto:buttsc@uci.edu">buttsc@uci.edu</a>
参考文献----------References----------
Fruchterman, T.M.J. and Reingold, E.M. (1991). “Graph Drawing by Force-directed Placement.” Software - Practice and Experience, 21(11):1129-1164.
Kamada, T. and Kawai, S. (1989). “An Algorithm for Drawing General Undirected Graphs.” Information Processing Letters, 31(1):7-15.
参见----------See Also----------
gplot3d, gplot, gplot.layout, cmdscale, eigen
gplot3d，gplot，gplot.layout，cmdscale，eigen
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发表于 2012-9-30 10:53:28
