R语言 ArrayExpress包 getAE()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getAE(ArrayExpress)
getAE()所属R语言包：ArrayExpress

                                         Download MAGE-TAB files from ArrayExpress in a specified directory
                                         在指定的目录下载从ArrayExpress的MAGE-TAB文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

getAE downloads and extracts the MAGE-TAB files from an ArrayExpress dataset.
getAE下载和提取从ArrayExpress集的MAGE  -  TAB文件。


用法----------Usage----------


getAE(input, path = getwd(), type = "full", extract = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：input
is an ArrayExpress identifier.  
ArrayExpress标识符。


参数：path
is the name of the directory in which the files downloaded on the ArrayExpress repository will be extracted.  
ArrayExpress库中下载的文件将被提取的目录的名称。


参数：type
can be 'raw' to download and extract only the raw data, 'processed' to download and extract only the processed data or 'full' to have both raw and processed data.
可以是“原始”下载并提取原始数据，“处理”，下载并解压缩处理的数据或全，有原料和加工的数据。


参数：extract
if FALSE, the files are not extracted from the zip archive.
如果为FALSE，文件不提取zip归档。


值----------Value----------

A list with the names of the files that     have been downloaded and extracted.
A list with the names of the files that     have been downloaded and extracted.


作者（S）----------Author(s)----------



Audrey Kauffmann
Maintainer: <kauffmann@bergonie.org>  




参见----------See Also----------

ArrayExpress, magetab2bioc, getcolproc,
ArrayExpress，magetab2bioc，getcolproc


举例----------Examples----------


mexp1422 = getAE("E-MEXP-1422", type = "full")

## Build a an ExpressionSet from the raw data[＃建立一个原始数据ExpressionSet]
MEXP1422raw = magetab2bioc(files = mexp1422)

## Build a an ExpressionSet from the processed data[＃从处理过的数据建立一个ExpressionSet]
cnames = getcolproc(mexp1422)
MEXP1422proc = procset(mexp1422, cnames[2])


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