R语言 apComplex包 findComplexes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findComplexes(apComplex)
findComplexes()所属R语言包：apComplex

                                        Estimate a Protein Complex Membership Graph (PCMG) using protein complex comembership data from AP-MS technology
                                         估计蛋白质复合体成员图表（PCMG）使用AP-MS技术蛋白复合comembership数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs all steps in the local modeling algorithm described by Scholtens and Gentleman (2004) and Scholtens, Vidal, and Gentleman (submitted), beginning with an adjacency matrix recording bait-hit AP-MS data.
执行Scholtens和绅士（2004年）和Scholtens，维达尔和绅士（提交），邻接矩阵录音诱饵命中AP-MS数据开始在当地的建模算法的所有步骤。


用法----------Usage----------


findComplexes(adjMat,VBs=NULL,VPs=NULL,simMat=NULL,sensitivity=.75,specificity=.995,Beta=0,commonFrac=2/3,wsVal
= 2e7)



参数----------Arguments----------

参数：adjMat
Adjacency matrix of bait-hit data from an AP-MS experiment.  Rows correspond to baits and columns to hits.
诱饵命中从一个AP-MS实验数据的邻接矩阵。行对应到点击的诱饵和列。


参数：VBs
VBs is an optional vector of viable baits.
VBs是一个可行的诱饵可选向量。


参数：VPs
VPs is an optional vector of viable prey.
VPs是可行的猎物可选向量。


参数：simMat
An optional square matrix with entries between 0 and 1.  Rows and columns correspond to the proteins in the experiment, and should be reported in the same order as the columns of adjMat.  Higher values in this matrix are interpreted to mean higher similarity for protein pairs.
0和1项之间的一个可选的方阵。行和列分别对应在实验中的蛋白质，并应在相同的顺序作为adjMat列报。解释在这个矩阵的值越高，意味着更高的蛋白质对相似。


参数：sensitivity
Believed sensitivity of AP-MS technology.
相信AP-MS技术的灵敏度。


参数：specificity
Believed specificity of AP-MS technology.
相信AP-MS技术的特异性。


参数：Beta
Optional additional parameter for the weight to give data in simMat in the logistic regression model.
可选为重的额外的参数给数据simMat在logistic回归模型。


参数：commonFrac
This is the fraction of baits that need to be  overlapping for a complex combination to be considered.
这是诱饵，需要被认为是一个复杂的组合重叠的部分。


参数：wsVal
A numeric. This is the value assigned as the work-space in the call to fisher.test
一个数字。这是在呼叫分配工作空间的价值，fisher.test


Details

详情----------Details----------

findComplexes performs all steps in the complex estimation algorithm using the apComplex package functions bhmaxSubgraph, LCdelta, and mergeComplexes.  These steps can also be performed separately by the user.  
findComplexes复杂的估计算法在执行所有的步骤使用的apComplex的包功能bhmaxSubgraph，LCdelta，mergeComplexes。这些步骤也可以由用户单独进行。

If VBs and/or VPs are not specified, then by default VBs will be assigned the set of baits that detect at least one prey and VPs the set of prey that are detected by at least one bait.
如果VBs和/或VPs没有指定，则默认的VBs将分配诱饵，发现至少有一个猎物，VPs猎物集检测至少一个诱饵。

By default commonFrac is set relatively high at 2/3.  This means  that some potentially reasonable complex combinations could be missed. For  smaller data sets, users may consider decreasing the fraction.  For larger
默认情况下，commonFrac设置比较高，在2/3。这意味着，可能错过了一些潜在的合理的复杂组合。对于较小的数据集，用户可以考虑降低分数。对于较大的


值----------Value----------

A list of character vectors containing the names of the proteins in the  estimated complexes.
字符向量含有估计复合物的蛋白质的名称列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Denise Scholtens



参考文献----------References----------

interaction data.  Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 3, Article 39 (2004).
networks.  Bioinformatics 21, 3548-3557 (2005).

参见----------See Also----------

bhmaxSubgraph,mergeComplexes
bhmaxSubgraph，mergeComplexes


举例----------Examples----------



data(apEX)
PCMG2 <- findComplexes(apEX,sensitivity=.7,specificity=.75)



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