R语言 apComplex包 bhmaxSubgraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bhmaxSubgraph(apComplex)
bhmaxSubgraph()所属R语言包：apComplex

                                        Find maximal BH-complete subgraph
                                         找到最大的BH完全子

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given an adjacency matrix of bait-hit AP-MS protein data, this function finds the maximal BH-complete subgraphs and reports them as an affiliation matrix.
鉴于诱饵命中AP-MS蛋白质数据的邻接矩阵，此功能发现的最大的BH完全子图和报告作为从属关系矩阵。


用法----------Usage----------


bhmaxSubgraph(adjMat,VBs=NULL,VPs=NULL,unrecip=1)



参数----------Arguments----------

参数：adjMat
adjMat is an N by (N+M) adjacency matrix with N equal to the number of bait proteins and M equal to the number of hit-only proteins.  adjMat should have row and column names corresponding to the proteins in the experiment.  An entry of "1" in the ith row and jth column of adjMat corresponds to bait protein i finding protein j as a hit.  All other entries should be 0.  
adjMat是一个与N（N + M的）邻接矩阵等于诱饵蛋白和M仅命中蛋白质的数量等于列印。 adjMat应该有相应的实验蛋白质的行和列的名字。进入一个“1”，在第i行第j列adjMat对应诱饵蛋白，我发现蛋白质j一击。其他所有参赛作品必须为0。


参数：VBs
VBs is an optional vector of viable baits.
VBs是一个可行的诱饵可选向量。


参数：VPs
VPs is an optional vector of viable prey.
VPs是可行的猎物可选向量。


参数：unrecip
By default set to 1 so that unreciprocated bait-bait edges are treated as present.  If set to 0, unreciprocated bait-bait edges will be treated as absent.   
默认情况下，设置为1使unreciprocated诱饵诱饵边是目前治疗。如果设置为0，将被视为缺席unreciprocated诱饵，诱饵边缘。


Details

详情----------Details----------

A BH-complete subgraph with n bait nodes and m hit-only nodes for AP-MS data is defined as a subgraph for which all n*(n-1)+nm directed edges exist.  A maximal BH-complete subgraph is a BH-complete subgraph which is not contained in any other BH-complete subgraph.
一个具有n个诱饵节点和AP-MS数据的米命中唯一的节点BH完全子被定义为所有N *（N-1）+纳米执导的边缘存在一个子图。一个最大的BH完成子是BH完整的子，这是不包含在任何其他BH完整的子。

If VBs and/or VPs are not specified, then by default VBs will be assigned the set of baits that detect at least one prey and VPs the set of prey that are detected by at least one bait.
如果VBs和/或VPs没有指定，则默认的VBs将分配诱饵，发现至少有一个猎物，VPs猎物集检测至少一个诱饵。

By default, unreciprocated bait-bait observations will be treated as present.  If unrecip is set to 0, they will be treated as absent.  If the sensitivity of the AP-MS technology is believed to be less than the specificity, then it is suggested that unrecip=1.
默认情况下，unreciprocated诱饵诱饵的意见将被视为本。如果unrecip设置为0，他们将被视为缺席。如果AP-MS技术的敏感性被认为是小于特异性，那么它建议unrecip= 1。

This function calls maxCliques from the RBGL package.
此函数调用maxCliques从RBGL包。


值----------Value----------

A list of length one named 'maxCliques' which is itself a list of  character vectors containing the names of the elements in the cliques.
一个长度为一名为“maxCliques”这本身就是一个字符向量包含的元素的名称在拉帮结派的名单列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Denise Scholtens



参考文献----------References----------

interaction data.  Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 3, Article 39 (2004).
networks.  Bioinformatics 21, 3548-3557 (2005).

参见----------See Also----------

mergeComplexes,findComplexes
mergeComplexes，findComplexes


举例----------Examples----------



data(apEX)
PCMG0 <- bhmaxSubgraph(apEX)
PCMG1 <- mergeComplexes(PCMG0,apEX,sensitivity=.7,specificity=.75)

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