getGENETITLE(annotationTools)
getGENETITLE()所属R语言包:annotationTools
Find gene titles
寻找基因标题
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Takes a vector of probe set identifiers and an annotation table and retrieves the corresponding gene titles.
注意到向量的探针集标识符和注释表检索相应基因的标题。
用法----------Usage----------
getGENETITLE(ps, annot, diagnose = FALSE, TITLEcol = 14, noTITLEsymbol = NA, noTITLEprovidedSymbol = "---", sep = " /// ")
参数----------Arguments----------
参数:ps
character vector containing the probe sets identifiers.
特征向量包含探针设置标识符。
参数:annot
annotation table (data frame) where each row is a record and each column is an annotation field.
注释表(数据框),每一行是一个记录和每一列是一个注释字段。
参数:diagnose
logical. If TRUE, 3 (logical) vectors used for diagnostic purpose are returned in addition to the annotation. If FALSE (default) only the annotation is returned.
逻辑。如果是TRUE,返回3(逻辑)用于诊断目的的向量在另外的注解。如果为FALSE(默认)的注释,则返回。
参数:TITLEcol
column in annotation table containing the gene titles.
注释含有基因标题表中的列。
参数:noTITLEsymbol
character string to be used in output list 'genetitle' if no gene title is found or provided in the annotation table.
字符串被用来在输出列表genetitle,如果没有基因标题或注释表中提供的。
参数:noTITLEprovidedSymbol
character string used in annotation table and indicating missing gene title.
字符串用于注释表,并说明失踪基因标题。
参数:sep
character string used in annotation table to separate multiple gene titles.
注释表字符串分隔多个基因的冠军。
Details
详情----------Details----------
This function can be used with Affymetrix annotation files (e.g. 'HG-U133\_Plus\_2\_annot.csv'). It retrieves the gene titles corresponding to particular probe set identifiers.
此功能可用于与Affymetrix的注释文件(例如,“HG-U133 \ _Plus \ _2的\ _annot.csv”)。它检索特定的探针集标识符对应的基因标题。
Gene titles are returned as elements of list 'genetitle'. If multiple gene titles are provided for 'ps[i]' (with 'sep' separating gene titles in the annotation table), a vector containing all gene titles is returned as the 'i-th' element of list 'genetitle'.
基因标题返回名单genetitle的元素。如果多个基因的标题为“PS [I]”(“九月”分离基因注释表职称),返回一个向量包含所有基因的标题为“第i名单genetitle元素。
The default values for 'TITLEcol', 'noTITLEsymbol', 'noTITLEprovidedSymbol' and 'sep' are chosen to suit the format of Affymetrix annotation files. However, these options can be set to look up any annotation table, provided the probe set identifiers are in the first column and occur only once.
“TITLEcol,noTITLEsymbol,noTITLEprovidedSymbol”和“九月”的默认值选择适合Affymetrix的注释文件的格式。然而,这些选项可以设置查找任何注释表,提供探针集标识符是在第一列,只发生一次。
值----------Value----------
参数:genetitle
list of length 'length(ps)' the 'i'-th element of which contains the gene title for 'ps[i]'.
列表长度的长度(PS)“δ-th元素,其中包含了基因的题目是”PS [I]。
参数:empty
logical vector of length 'length(ps)'. 'empty[i]' is TRUE if 'ps[i]' is empty or NA.
逻辑矢量长度的长度(PS)。 “空[I]”为TRUE,如果“PS [我]为空或NA。
参数:noentry
locial vector of length 'length(ps)'. 'noentry[i]' is TRUE if 'ps[i]' cannot be found in the first column of the annotation table.
locial向量长度的长度(PS)。 “NOENTRY [I]”为TRUE,如果“PS我不能在第一列的注释表。
参数:notitle
locial vector of length 'length(ps)'. 'noid[i]' is TRUE if 'genetitle[i]==noTITLEprovidedSymbol' is TRUE.
locial向量长度的长度(PS)。 “NOID [I]是TRUE,如果是TRUEgenetitle [我] == noTITLEprovidedSymbol的”。
注意----------Note----------
getANNOTATION provides a more flexible solution to be used with arbitrary annotation tables.
getANNOTATION提供了更加灵活的解决方案,将用于与任意注释表。
作者(S)----------Author(s)----------
Alexandre Kuhn
参见----------See Also----------
getANNOTATION
getANNOTATION
举例----------Examples----------
##example Affymetrix annotation file and its location[#例如Affymetrix的注释文件和它的位置]
annotationFile<-system.file('extdata','HG-U133_Plus_2_annot_part.csv',package='annotationTools')
##load annotation file[#加载注释文件]
annotation<-read.csv(annotationFile,colClasses='character',comment.char='#')[)]
##get gene titles[#基因职称]
myPS<-c('117_at','1007_s_at','1552288_at',NA,'xyz_at')
getGENETITLE(myPS,annotation)
##track origin of annotation failure for the 3 last probe set IDs[#注释失败的起源跟踪的最后3探针集ID]
getGENETITLE(myPS,annotation,diagnose=TRUE)
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