R语言 SimHap包 summary.hapQuant()函数中文帮助文档(中英文对照)

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summary.hapQuant(SimHap)
summary.hapQuant()所属R语言包：SimHap

                                        Summarize quantitative haplotype analysis models
                                         总结定量单倍型分析模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summary method for objects of class hapQuant
摘要方法的类的对象的hapQuant


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'hapQuant'
summary(object, ...)
## S3 method for class 'summary.hapQuant'
print(x, digits = max(3, getOption("digits") - 3),
        signif.stars = getOption("show.signif.stars"), ...)




参数----------Arguments----------

参数：object
object of class hapQuant, the result of a call to haplo.quant.
类的对象hapQuant，结果，调用haplo.quant。


参数：x
an object of class summary.hapQuant, the result of a call to  <PRE>summary.hapQuant.</PRE>
类的一个对象summary.hapQuant，结果的调用<PRE> summary.hapQuant。</ PRE>


参数：digits
the number of significant digits to use when printing.
打印时所使用的数量显著数字。


参数：signif.stars
logical. If TRUE, &ldquo;significance stars" are printed for each coefficient.
逻辑。如果TRUE，“意义明星”打印每个系数。


参数：...
further arguments passed to or from other methods.
进一步的参数传递给其他方法。


值----------Value----------

summary.hapQuant returns an object of class summary.hapQuant, a list with components
summary.hapQuant返回一个对象，组件类summary.hapQuant“的列表


参数：formula
formula1 passed into haplo.quant.
formula1传递到haplo.quant。


参数：coefficients
a table containing the coefficients, standard errors and p-values of the parameter estimates.
一个表中包含的系数，标准误差及p-值的参数估计。


参数：empiricalResults
a list containing the coefficients, standard errors and p-values calculated at each simulation of haplo.quant.
一个列表，其中包含的系数，标准差和p-值计算在每个模拟haplo.quant。


参数：rsquared
r-squared values for the model including haplotypes and the model excluding haplotypes.
R平方值的模型，包括单倍型和模型不包括单倍型。


参数：LRT
a likelihood ratio test, testing for significant improvement of the model when haplotypic parameters are included.
似然比检验，显着改善的模型进行测试时，单倍型参数。


参数：AIC
Akaike Information Criterion for the linear model fit including haplotypes.
赤池信息准则的线性模型拟合，包括单倍型。


参数：predicted
estimated marginal means of the outcome variable broken down by haplotype levels, evaluated at mean values of the model predictors, averaged over all simulations.
估计边际均值的结果变量分解评价模型的预测平均值，单倍型的水平，平均在所有的模拟。


参数：effect
the haplotypic effect modelled: "ADDITIVE", "DOMINANT" or "RECESSIVE".
单倍型效应建模：“添加剂”，“显性”或“隐性”。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

haplo.quant
haplo.quant


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by infer.haplos[SNP.dat转换，格式化所需的infer.haplos]
haplo.dat <- SNP2Haplo(SNP.dat)

data(pheno.dat)

# generate haplotype frequencies and haplotype design matrix[产生单倍型频率和单倍型设计矩阵]
myinfer<-infer.haplos(haplo.dat)

# print haplotype frequencies generated by infer.haplos[打印单倍型频率所产生的infer.haplos]
myinfer$hap.freq

# generate haplo object where haplotypes with a frequency [单倍型的频率产生单倍体对象]
# below min.freq are grouped as a category called "rare"[下面min.freq分为一类被称为“罕见”]
myhaplo<-make.haplo.rare(myinfer,min.freq=0.05)
mymodel <- haplo.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+h.N1AA, formula2=HDL~AGE+SBP,
        pheno=pheno.dat, haplo=myhaplo, sim=10)
summary(mymodel)


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