R语言 AnnotationDbi包 makeProbePackage()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeProbePackage(AnnotationDbi)
makeProbePackage()所属R语言包：AnnotationDbi

                                        Make a package with probe sequence related data for microarrays
                                         与芯片探针序列相关数据包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Make a package with probe sequence related data for microarrays
与芯片探针序列相关数据包


用法----------Usage----------


makeProbePackage(arraytype,
    importfun = "getProbeDataAffy",
    maintainer,
    version,
    species,
    pkgname = NULL,
    outdir  = ".",
    force = FALSE, quiet = FALSE,
    check = TRUE, build = TRUE, unlink = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：arraytype
Character. Name of array type (typically a vendor's name like "HG-U133A").
字符。数组类型的名称（通常是像“HG-U133A”供应商的名称）。


参数：importfun
Character. Name of a function that can read the probe sequence data e.g. from a file. See getProbeDataAffy for an example.
字符。一个函数的名称，可以阅读的探针序列数据，如从一个文件中。看到getProbeDataAffy的一个例子。


参数：maintainer
Character. Name and email address of the maintainer.
字符。维护者的姓名和电子邮件地址。


参数：version
Character. Version number for the package.
字符。包的版本号。


参数：species
Character. Species name in the format Genus\_species (e.g., Homo\_sapiens)
字符。在格式属种名称\ _species（例如，智人\ _sapiens）


参数：pkgname
Character. Name of the package. If missing, a name is created from arraytype.
字符。包的名称。如果丢失，创建一个名称从arraytype。


参数：outdir
Character. Path where the package is to be written.
字符。路径的包是被写入其中。


参数：force
Logical. If TRUE overrides possible warnings
逻辑。如果TRUE覆盖可能的警告


参数：quiet
Logical. If TRUE do not print statements on progress on the console
逻辑。如果TRUE不打印在控制台上的进展情况报表


参数：check
Logical. If TRUE call R CMD check on the package
逻辑。如果TRUE叫R CMD check包


参数：build
Logical. If TRUE call R CMD build on the package
逻辑。如果TRUE叫R CMD build包


参数：unlink
Logical. If TRUE unlink (remove) the check directory (only relevant if check=TRUE)
逻辑。如果TRUE的unlink（删除）check目录（唯一有关的，如果check=TRUE）


参数：...
Further arguments that get passed along to importfun
一起获得通过进一步的论据importfun


Details

详情----------Details----------

See vignette.
看到小插曲。

Important note for Windows users: Building and checking packages requires some tools outside of R (e.g. a Perl interpreter). While these tools are standard with practically every Unix, they do not come with MS-Windows and need to be installed separately on your computer. See http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools. If you just want to build probe packages, you will not need the compilers, and the "Windows help" stuff is optional.
重要说明：Windows用户建立和检查包需要一些工具以外的R（如Perl解释器）。虽然这些工具与几乎所有的Unix标准，他们不来与MS-Windows系统，需要您的计算机上分别安装。看到http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools。如果你只是想建立探测包，你将不再需要编译器，和“Windows帮助”的东西是可选的。


举例----------Examples----------


filename <- system.file("extdata", "HG-U95Av2_probe_tab.gz",
     package="AnnotationDbi")
outdir   <- tempdir()
me       <- "Wolfgang Huber <huber@ebi.ac.uk>"
makeProbePackage("HG-U95Av2",
                 datafile   = gzfile(filename, open="r"),
                 outdir     = outdir,
                 maintainer = me,
                 version    = "0.0.1",
                 species    = "Homo_sapiens",
                 check      = FALSE,
                 force      = TRUE)
dir(outdir)

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