R语言 SimHap包 snp.quant()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snp.quant(SimHap)
snp.quant()所属R语言包：SimHap

                                        Single SNP analysis for quantitative outcomes
                                         单核苷酸多态性分析的定量结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

snp.quant is used to fit linear regression models to single SNP genotype and phenotype data for continuous Normal outcomes.
snp.quant线性回归模型来拟合单个SNP的基因型和表型数据的连续正常结果。


用法----------Usage----------


snp.quant(formula1, formula2, geno, pheno, sub = NULL,
        predict_variable = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：formula1
a symbolic description of the full model to be fit, including SNP parameters. The details of model specification are given below.
的符号描述的是整个模型是适合包括SNP的参数。模型规范的细节在下面给出。


参数：formula2
a symbolic description of the nested model excluding SNP parameters, to be compared to formula1 in a likelihood ratio test.
的符号描述的嵌套模式，不包括SNP参数，进行比较formula1似然比检验。


参数：geno
a dataframe containing genotype data.
一个数据框的基因型数据。


参数：pheno
a dataframe containing phenotype data.
一个数据框的表型数据。


参数：sub
an expression representing a subset of the data on which to perform the models.
的数据的一个子集的表达式，表示在其上执行的模型。


参数：predict_variable
a factored SNP variable, at each level of which the response variable will be predicted based on the model fit using formula1.
其中一个因素SNP变量，在每个级别的响应变量进行预测的基础上的模型拟合公式。


Details

详细信息----------Details----------

formula1 should be in the form: response ~ predictor(s) + SNP(s) and formula2 should be in the form: response ~ predictor(s). A formula has an implied intercept term. See documentation for formula function for more details of allowed formulae.
formula1应该是以下形式：response ~ predictor(s) + SNP(s)和formula2的形式应该是：response ~ predictor(s)。公式有一个隐含的截距项。 formula功能允许的公式的详细信息，请参阅文档。


值----------Value----------

snp.quant returns an object of 'class' snpQuant.
snp.quant返回一个对象的“类”snpQuant。

The summary function can be used to obtain and print a summary of the results.  
summary函数可以用来获取和打印结果的摘要。

An object of class snpQuant is a list containing the following components:
一个对象的类snpQuant的是一个列表，其中包含以下组件：


参数：results
a table containing the coefficients, standard errors and p-values of the parameter estimates.
一个表中包含的系数，标准误差及p-值的参数估计。


参数：formula1
formula1 passed to snp.quant.
formula1传递给snp.quant。


参数：formula2
formula2 passed to snp.quant.
formula2传递给snp.quant。


参数：LRT
a likelihood ratio test, testing for significant improvement of the model when genotypic parameters are included.
似然比检验，测试基因型的参数时，显着改善的模型。


参数：ANOD
analysis of deviance table for the model fit using formula1.
分析模型拟合偏差表使用formula1。


参数：logLik
the log-likelihood for the linear model fit using formula1.
对数似然的线性模型拟合使用formula1。


参数：fit.lm
a lm object fit using formula1.
一个lm对象适合使用formula1，。


参数：fitsub.lm
a lm object fit using formula2.
一个lm对象适合使用formula2，。


参数：rsquared
r-squared values for models fit using formula1 and formula2.
模型的R平方值适合使用formula1和formula2。


参数：predicted.values
estimated marginal means of the outcome variable broken down by SNP levels, evaluated at mean values of the model predictors.
估计边际SNP水平细分的结果变量，模型的预测平均值进行评估。


参数：AIC
Akaike Information Criterion for the linear model fit using formula1.
赤池信息准则的线性模型拟合使用formula1。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------





参见----------See Also----------

snp.bin
snp.bin


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by snp.quant[SNP.dat转换，格式化所需的snp.quant]
geno.dat <- SNP2Geno(SNP.dat, baseline=c("MM", "11", "GG", "CC"))

data(pheno.dat)
mymodel <- snp.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+factor(SNP_1_add),
        formula2=HDL~AGE+SBP, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat)
summary(mymodel)

# example using a variable for which to predict marginal means[例如，使用一个变量来预测边际均值]
mymodel <- snp.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+factor(SNP_1_add),
        formula2=HDL~AGE+SBP, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat,
        predict_variable="SNP_1_add")
summary(mymodel)

# example with a subsetting variable, looking at males only[例如，一个子集变量，只在男性]
mymodel <- snp.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+factor(SNP_1_add),
        formula2=HDL~AGE+SBP, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat,
        sub=expression(SEX==1))


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