R语言 SimHap包 snp.cc.match()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snp.cc.match(SimHap)
snp.cc.match()所属R语言包：SimHap

                                        Single SNP analysis for matched case-control data
                                         匹配的情况下，控制数据的单核苷酸多态性分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

snp.cc.match is used to fit conditional logistic regression models to single SNP genotype and phenotype, matched case-control data.  
snp.cc.match条件Logistic回归模型来拟合单个SNP基因型和表型匹配的情况下，控制数据。


用法----------Usage----------


snp.cc.match(formula1, formula2, geno, pheno, sub = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：formula1
a symbolic description of the full model to be fit, including SNP parameters. The response must be binary indicator of case-control status, and the formula must contain a variable indicating strata, or the matching sequence.
的符号描述的是整个模型是适合包括SNP的参数。响应必须是二进制的情况下，控制状态的指标，计算公式必须包含一个变量，表示阶层，或匹配序列。


参数：formula2
a symbolic description of the nested model excluding SNP parameters, to be compared to formula1 in a likelihood ratio test. The response must be binary indicator of case-control status, and the formula must contain a variable indicating strata, or the matching sequence.
的符号描述的嵌套模式，不包括SNP参数，进行比较formula1似然比检验。响应必须是二进制的情况下，控制状态的指标，计算公式必须包含一个变量，表示阶层，或匹配序列。


参数：geno
a dataframe containing genotype data.
一个数据框的基因型数据。


参数：pheno
a dataframe containing phenotype data.
一个数据框的表型数据。


参数：sub
an expression representing a subset of the data on which to perform the models.
的数据的一个子集的表达式，表示在其上执行的模型。


Details

详细信息----------Details----------

formula1 should be in the form:
“formula1的形式应该是：


值----------Value----------

snp.Clogit returns an object of class snpClogit.
snp.Clogit返回一个对象类snpClogit。

The summary function can be used to obtain and print a summary of the results.  
summary函数可以用来获取和打印结果的摘要。

An object of class snpClogit is a list containing the following components:
一个对象的类snpClogit的是一个列表，其中包含以下组件：


参数：results
a table containing the hazard ratios, confidence intervals and p-values of the parameter estimates.
一个表，其中包含的风险比，置信区间和参数估计的p值。


参数：formula
formula1 passed to snp.cc.match.
formula1传递给snp.cc.match。


参数：Wald
The Wald test for overall significance of the fitted model.
的Wald检验整体拟合模型的意义。


参数：logLik
the log-likelihood for the model fit using formula1.
对数似然模型拟合使用formula1。


参数：fit.clogit
an object of class clogit fit using formula1. See clogit for details.
类的一个对象clogit适合使用formula1。见clogit的详细信息。


参数：rsquared
r-squared values for models fit using formula1 and formula2.
模型的R平方值适合使用formula1和formula2。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

snp.bin
snp.bin


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by snp.cc.match[SNP.dat转换，格式化所需的snp.cc.match]
geno.dat <- SNP2Geno(SNP.dat, baseline=c("MM", "11", "GG", "CC"))

data(pheno.dat)
mymodel <- snp.cc.match(formula1=DISEASE~SBP+DBP+SNP_1_add+strata(STRAT),
        formula2=DISEASE~SBP+DBP+strata(STRAT), pheno=pheno.dat,
        geno=geno.dat)
summary(mymodel)

# example with subsetting variable[例如，子集变量]
mymodel <- snp.cc.match(formula1=DISEASE~SBP+DBP+SNP_1_add+strata(STRAT),
        formula2=DISEASE~SBP+DBP+strata(STRAT), pheno=pheno.dat,
        geno=geno.dat, sub=expression(SEX==1))
summary(mymodel)

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