snp.bin(SimHap)
snp.bin()所属R语言包：SimHap
Single SNP analysis for binary outcomes
二元结果的单核苷酸多态性分析
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
snp.bin is used to fit generalized linear regression models to single SNP genotype and phenotype data for a binary outcome.
snp.bin广义线性回归模型来拟合单个SNP的基因型和表型数据的二进制结果。
用法----------Usage----------
snp.bin(formula1, formula2, geno, pheno, sub = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：formula1
a symbolic description of the full model to be fit, including SNP parameters. The details of model specification are given below.
的符号描述的是整个模型是适合包括SNP的参数。模型规范的细节在下面给出。
参数：formula2
a symbolic description of the nested model excluding SNP parameters, to be compared to formula1 in a likelihood ratio test.
的符号描述的嵌套模式，不包括SNP参数，进行比较formula1似然比检验。
参数：geno
a dataframe containing genotype data.
一个数据框的基因型数据。
参数：pheno
a dataframe containing phenotype data.
一个数据框的表型数据。
参数：sub
an expression representing a subset of the data on which to perform the models.
的数据的一个子集的表达式，表示在其上执行的模型。
Details
详细信息----------Details----------
formula1 should be in the form of outcome ~ predictor(s) + SNP(s) and formula2 should be in the form outcome ~ predictor(s). A formula has an implied intercept term. See documentation for formula function for more details of allowed formulae.
formula1应该是的形式outcome ~ predictor(s) + SNP(s)和formula2应在的形式outcome ~ predictor(s)。公式有一个隐含的截距项。 formula功能允许的公式的详细信息，请参阅文档。
值----------Value----------
snp.bin returns an object of 'class' snpBin.
snp.bin返回一个对象的“类”snpBin。
The summary function can be used to obtain and print a summary of the results.
summary函数可以用来获取和打印结果的摘要。
An object of class snpBin is a list containing the following components:
一个对象的类snpBin的是一个列表，其中包含以下组件：
参数：results
a table containing the odds ratios, confidence intervals and p-values of the parameter estimates.
一个表，其中包含的胜算比，置信区间和参数估计的p值。
参数：formula1
formula1 passed to snp.bin.
formula1传递到snp.bin的。
参数：formula2
formula2 passed to snp.bin.
formula2传递到snp.bin的。
参数：LRT
a likelihood ratio test, testing for significant improvement of the model when haplotypic parameters are included.
似然比检验，显着改善的模型进行测试时，单倍型参数。
参数：ANOD
analysis of deviance table for the model fit using formula1.
分析偏差表的模型拟合公式。
参数：logLik
the log-likelihood for the linear model fit using formula1.
对数似然的线性模型拟合公式。
参数：fit.glm
a glm object fit using formula1.
glm对象适合使用公式。
参数：fitsub.glm
a glm object fit using formula2.
一个glm对象的适合使用formula2。
参数：AIC
Akaike Information Criterion for the linear model fit using formula1.
赤池信息准则的线性模型拟合公式。
（作者）----------Author(s)----------
Pamela A. McCaskie
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
snp.quant, haplo.quant
snp.quant，haplo.quant
实例----------Examples----------
data(SNP.dat)
# convert SNP.dat to format required by snp.bin[SNP.dat转换，格式化所需的snp.bin]
geno.dat <- SNP2Geno(SNP.dat, baseline=c("MM", "11", "GG", "CC"))
data(pheno.dat)
mymodel <- snp.bin(formula1=PLAQUE~AGE+SEX+SNP_1_add,
formula2=PLAQUE~AGE+SEX, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat)
summary(mymodel)
# example with a subsetting variable, looking at [例如，一个子集变量，看着]
# people over 50 years of age only[50岁以上的人只]
mymodel <- snp.bin(formula1=PLAQUE~AGE+SEX+SNP_1_add,
formula2=PLAQUE~AGE+SEX, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat,
sub=expression(AGE>50))
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发表于 2012-9-30 02:47:21
