R语言 SimHap包 infer.haplos()函数中文帮助文档(中英文对照)

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infer.haplos(SimHap)
infer.haplos()所属R语言包：SimHap

                                        Infer haplotype configurations when phase is unknown
                                         推断单倍型配置阶段是未知的时

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

infer.haplos generates a haplotype object to be used in association analysis.
infer.haplos生成的单倍型的关联分析中要使用的对象。


用法----------Usage----------


infer.haplos(geno)



参数----------Arguments----------

参数：geno
a genotype data frame where each SNP is represented by two columns, one for each allele, in the form of haplo.dat
基因型数据框，其中每个SNP表示的两列，一个用于每个等位基因，在haplo.dat形式


值----------Value----------

infer.haplos returns a list containing the following items
infer.haplos返回一个列表，其中包含以下项目


参数：hapMat
a dataframe containing all possible haplotype configurations with their respective likelihoods, for each individual.
一个数据框包含所有可能的单倍型配置各自的似然，对于每一个人。


参数：hap.freq
haplotype frequencies estimated using the EM algorithm, and the standard errors of these frequencies.
单倍型频率估计使用EM算法，及这些频率的标准误差。


参数：initFreq
initial haplotype frequencies to be used by other SimHap functions.
要使用的初始单倍型频率由其他SimHap功能。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

make.haplo.rare
make.haplo.rare


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by infer.haplos[SNP.dat转换，格式化所需的infer.haplos]
haplo.dat <- SNP2Haplo(SNP.dat)

data(pheno.dat)

# generates haplotype frequencies and haplotype design matrix[产生单倍型频率和单倍型设计矩阵]
myinfer<-infer.haplos(haplo.dat)

# prints haplotype frequencies generated by infer.haplos[打印单倍型频率所产生的infer.haplos]
myinfer$hap.freq

# generates haplo object where haplotypes with a frequency [单倍型的频率，产生单倍体对象]
# below min.freq are grouped as a category called "rare"[下面min.freq分为一类被称为“罕见”]
myhaplo<-make.haplo.rare(myinfer,min.freq=0.05)
mymodel <- haplo.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+h.N1AA, formula2=HDL~AGE+SBP,
        pheno=pheno.dat, haplo=myhaplo, sim=10)


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