R语言 SimHap包 infer.haplos.cc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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infer.haplos.cc(SimHap)
infer.haplos.cc()所属R语言包：SimHap

                                        Infer haplotype configuration independently in cases and controls
                                         在病例组和对照组，独立推断单倍型配置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

infer.haplos.cc generates a haplotype object to be used in association analysis.
infer.haplos.cc生成的单倍型的关联分析中要使用的对象。


用法----------Usage----------


infer.haplos.cc(geno, pheno, cc.var)



参数----------Arguments----------

参数：geno
a genotype data frame where each SNP is represented by two columns, one for each allele, in the form of haplo.dat.
其中表示的两列，一个用于每个等位基因，在形式haplo.dat每个SNP的基因型数据框。


参数：pheno
a data frame containing phenotype data with at least two columns - a subject identifier and an indicator of disease status.
含有表型数据的数据框具有至少两个列 - 被摄体标识符和疾病状态的一个指标。


参数：cc.var
the column name of the parameter indicating disease status. Must be entered with quotations, e.g. “DISEASE".
表明疾病状态的参数的列名。报价，例如，必须输入“疾病”。


Details

详细信息----------Details----------

cc.var must be binary, taking only values 0 or 1.
cc.var必须是二进制文件，只服用值0或1。


值----------Value----------

infer.haplos.cc returns a list containing the following items
infer.haplos.cc返回一个列表，其中包含以下项目


参数：hapMat
a dataframe containing all possible haplotype configurations with their respective likelihoods, for each individual.
一个数据框包含所有可能的单倍型配置各自的似然，对于每一个人。


参数：hap.freq.cases
haplotype frequencies among cases estimated using the EM algorithm, and the standard errors of these frequencies.
单体型频率在情况下，使用EM算法，这些频率的标准误差估计。


参数：hap.freq.controls
haplotype frequencies among controls estimated using the EM algorithm, and the standard errors of these frequencies.
单体型频率在使用EM算法估计的控制，这些频率的标准误差。


参数：init.freq.cases
initial haplotype frequencies among cases to be used by other SimHap functions.
最初的单倍型频率在病例使用通过其他SimHap功能。


参数：init.freq.controls
initial haplotype frequencies among controls to be used by other SimHap functions.
控件之间的最初的单倍型频率用于由其他SimHap功能。


注意----------Note----------

infer.haplos.cc is to be used in place of infer.haplos when haplotypes and haplotype frequencies are to be inferred independently in cases and controls. geno and pheno should have individuals in the same order, with the subject identifier column in ascending order.
infer.haplos.cc中使用的地方infer.haplos在病例组和对照组单倍型及单倍型频率来推断独立。 geno和pheno应该有个人以相同的顺序，按升序排列的主题标识符列。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

infer.haplos, prepare.cc
infer.haplos，prepare.cc


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by infer.haplos[SNP.dat转换，格式化所需的infer.haplos]
haplo.dat <- SNP2Haplo(SNP.dat)

data(pheno.dat)

newdata <- prepare.cc(geno=haplo.dat, pheno=pheno.dat, cc.var="DISEASE")
newhaplo.dat <- newdata$geno
newpheno.dat <- newdata$pheno

# generates haplotype frequencies and haplotype design matrix[产生单倍型频率和单倍型设计矩阵]
myinfer<-infer.haplos.cc(geno=newhaplo.dat,
        pheno=newpheno.dat, cc.var="DISEASE")

# prints haplotype frequencies among cases[打印单倍型频率在病例]
myinfer$hap.freq.cases

# prints haplotype frequencies among controls[打印单体型频率在控制]
myinfer$hap.freq.controls

# generated haplo object where haplotypes with a frequency [产生单倍体对象，其中单倍型的频率]
# below min.freq are grouped as a category called "rare"[下面min.freq分为一类被称为“罕见”]
myhaplo<-make.haplo.rare(myinfer,min.freq=0.05)
mymodel <- haplo.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+h.N1AA, formula2=HDL~AGE+SBP,
        pheno=newpheno.dat, haplo=myhaplo, sim=10)



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