makeDBPackage(AnnotationDbi)
makeDBPackage()所属R语言包：AnnotationDbi
Creates a sqlite database, and then makes an annotation package
创建一个SQLite数据库，然后做一个注解包
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function 1st creates a SQLite file useful for making a SQLite based annotation package by using the correct popXXXCHIP\_DB function. Next, this function produces an annotation package featuring the sqlite database produced. All makeXXXXChip_DB functions REQUIRE that you previously have installed the appropriate XXXX.db0 package. Call the function available.db0pkgs() to see what your options are, and then install the appropriate package with biocLite().
1此功能创建一个SQLite文件\ _db功能使用的是正确的popXXXCHIP基于一个SQLite注释包，非常有用。接下来，这个函数产生一个注解包SQLite数据库生产。所有makeXXXXChip_DB功能需要您以前已经安装了适当XXXX.db0包。打检测的的功能available.db0pkgs（）看到你的选择是什么，然后安装适当biocLite（包）。
用法----------Usage----------
makeDBPackage(schema, ...)
# usage case with required arguments
# makeDBPackage(schema, affy, prefix, fileName, baseMapType, version)
# usage case with all arguments
# makeDBPackage(schema, affy, prefix, fileName, otherSrc, chipMapSrc,
# chipSrc, baseMapType, outputDir, version, manufacturer, chipName,
# manufacturerUrl, author, maintainer)
参数----------Arguments----------
参数：schema
String listing the schema that you want to use to make the DB. You can list schemas with available.dbschemas()
列出的模式，你要使用的数据库的字符串。你可以列出available.dbschemas（模式）
参数：affy
Boolean to indicate if this is starting from an affy csv file or not. If it is, then that will be parsed to make the sqlite file, if not, then you can feed a tab delimited file with IDs as was done before with AnnBuilder.
布尔值，表示如果这是从一个affy csv文件或不。如果是的话，那么将被解析SQLite文件，如果没有，那么你可以养活标识作为与AnnBuilder完成前一个制表符分隔的文件。
参数：prefix
prefix is the first part of the eventual desired package name. (ie. "prefix.db")
前缀是最终所需的软件包名称的第一部分。 （即“prefix.db”）
参数：fileName
The path and filename for the file to be parsed. This can either be an affy csv file or it can be a more classic file type.
该文件的路径和文件名被解析。这可以是一个affy csv文件，它可以是一个比较经典的文件类型。
参数：otherSrc
The path and filenames to any other lists of IDs which might add information about how a probe will map.
任何其他列表的ID可能添加探针将如何映射的信息的路径和文件名。
参数：chipMapSrc
The path and filename to the intermediate database containing the mapping data for allowed ID types and how these IDs relate to each other. If not provided, then the appropriate source DB from the most current .db0 package will be used instead.
中间数据库，其中包含允许的ID类型的映射数据，以及如何这些ID的路径和文件名之间的相互关系。如果没有提供，那么相应的源DB从最新的。DB0包将用来代替。
参数：chipSrc
The path and filename to the intermediate database containing the annotation data for the sqlite to build. If not provided, then the appropriate source DB from the most current .db0 package will be used instead.
中间含有sqlite的注释数据，建立数据库的路径和文件名。如果没有提供，那么相应的源DB从最新的。DB0包将用来代替。
参数：baseMapType
The type of ID that is used for the initial base mapping. If using a classic base mapping file, this should be the ID type present in the fileName. This can be any of the following values: "gb" = for genbank IDs "ug" = unigene IDs "eg" = Entrez Gene IDs "refseq" = refseq IDs "gbNRef" = mixture of genbank and refseq IDs
初始碱基映射的ID类型。如果使用的是一个典型的碱基映射文件，这应该是ID类型目前在文件名。这可以是以下任何值：“GB GenBank中的ID”UG“=”= UniGene的标识“，如”= Entrez基因身份证“的RefSeq”=的RefSeq的ID“gbNRef”=混合序列和标识的RefSeq
参数：outputDir
Where you would like the output files to be placed.
如果您想放置输出文件。
参数：version
What is the version number for the desired package.
什么是所需的软件包的版本号。
参数：manufacturer
Who made the chip being described.
谁所描述的芯片。
参数：chipName
What is the name of the chip.
什么是芯片的名称。
参数：manufacturerUrl
URL for manufacturers website.
制造商的网站的网址。
参数：author
List of authors involved in making the package.
参与包的作者名单。
参数：maintainer
List of package maintainers with email addresses for contact purposes.
名单与接触目的的电子邮件地址的包的维护者。
参数：...
Just used so we can have a wrapper function. Ignore this argument.
只是用这样我们就可以有一个包装函数。忽略此参数。
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
##Build the hgu95av2.db package[＃生成hgu95av2.db包]
makeDBPackage("HUMANCHIP_DB",
affy = TRUE,
prefix = "hgu95av2",
fileName = "/mnt/cpb_anno/mcarlson/proj/mcarlson/sqliteGen/srcFiles/hgu95av2/HG_U95Av2_annot.csv.070824",
otherSrc = c(
EA="/mnt/cpb_anno/mcarlson/proj/mcarlson/sqliteGen/srcFiles/hgu95av2/hgu95av2.EA.txt",
UMICH="/mnt/cpb_anno/mcarlson/proj/mcarlson/sqliteGen/srcFiles/hgu95av2/hgu95av2_UMICH.txt"),
baseMapType = "gbNRef",
version = "1.0.0",
manufacturer = "Affymetrix",
chipName = "hgu95av2",
manufacturerUrl = "http://www.affymetrix.com")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 11:56:44
