R语言 simboot包 saproDipGM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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saproDipGM(simboot)
saproDipGM()所属R语言包：simboot

                                         Abundance data of Diptera with saprophagous larvae
                                         丰度数据与腐幼虫，双翅目

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

In a field trial with 6 complete blocks, three treatments have been applied: a genetically modified crop variety was cultivated without insecticide treatment (GM), its near-isogenic counterpart (i.e. not genetically modified but otherwise genetically closely related to the GM crop) has been cultivated without insecticide treatment (Iso), and the near-isogenic variety has been cultivated with insecticide treatment (Ins). In each of the 18 plots, two emergence traps have been placed and Diptera with saprophagous larvae were classified to the species level and counted. A total number of 25 different species has been observed and included in the present data set. For each plot, the summed counts of each species over one cultivation period (in 2002) and the two traps is given in the columns Acor, ..., Tnud. Among others, one question in this trial was: Does the genetic modified variety effect biodiversity of the (ecologically important, non-target) species in comparison to the isogenic variety (as a negative control) and in comparison to the insecticide treated plants (as a positive control)?
6个完整的块，三种治疗方法已被应用于：在田间试验的转基因作物品种培育无杀虫剂处理（GM），其近等基因系的对应物（即非转基因，但在其他基因密切相关，在转基因作物）无杀虫剂处理（ISO），培养和已培养的近等基因系品种杀虫剂处理（INS）。在每一个18个图，两个出现陷阱被放置和双翅目与腐生幼虫的归入种的水平，并计数。甲总数25个不同种已被观察到，并包括在本数据集。对于每一个图，总结计数的每一个物种在一个培育期（2002年）和两个陷阱是给定的，在列ACOR，...，Tnud。其中，在本试验中的一个问题是：遗传修饰的各种效果的生物多样性的等基因的品种（作为阴性对照）相比，在比较的杀虫剂处理过的植物的物种（生态重要的是，非目标）（作为阳性对照）？


用法----------Usage----------


data(saproDipGM)



格式----------Format----------

A data frame with 18 observations on the following 27 variables.
18以下27个变量的观察与数据框。




Block a numeric vector, values 1,...,6 indicate the blocks of the trial
Block数值向量，值1，...，6表示块的试验




Variety a factor, distinguishing the 3 treatment levels: GM (genetically modified, no insecticide), Ins (not genetically modified, insecticide treatment) , and Iso (not genetically modified, no insecticide)
Variety的一个因素，区分3个处理水平：GM（转基因，无杀虫剂），Ins（不转基因，杀虫处理），和Iso（不是转基因改性，无杀虫剂）




Acor a numeric vector of counts of the first species
Acor一个数值向量的第一个物种的计数




Arub a numeric vector...
Arub一个数值向量...




Aaph a numeric vector
Aaph一个数值向量




Bbre a numeric vector
Bbre一个数值向量




Btri a numeric vector
Btri一个数值向量




Burt a numeric vector
Burt一个数值向量




Bvag a numeric vector
Bvag一个数值向量




Bill a numeric vector
Bill一个数值向量




Ccru a numeric vector
Ccru一个数值向量




Cmir a numeric vector
Cmir一个数值向量




Cvag a numeric vector
Cvag一个数值向量




Dnit a numeric vector
Dnit一个数值向量




Dand a numeric vector
Dand一个数值向量




Lcin a numeric vector
Lcin一个数值向量




Lcas a numeric vector
Lcas一个数值向量




Malt a numeric vector
Malt一个数值向量




Moli a numeric vector
Moli一个数值向量




Mluc a numeric vector
Mluc一个数值向量




Mtox a numeric vector
Mtox一个数值向量




Ppha a numeric vector
Ppha一个数值向量




Sato a numeric vector
Sato一个数值向量




Spal a numeric vector
Spal一个数值向量




Sate a numeric vector
Sate一个数值向量




Sleu a numeric vector
Sleu一个数值向量




Tnud a numeric vector
Tnud一个数值向量


源----------Source----------

Data set provided by Dr. Sabine Prescher,Institute for Biosafety of Genetically Modified Plants, Julius-Kuehn-Institut, Braunschweig, Germany
数据集，朱利叶斯 - 库恩学院，不伦瑞克，德国的转基因植物生物安全研究所提供的萨宾Prescher博士，


实例----------Examples----------


data(saproDipGM)

str(saproDipGM)

# load("D:/Mueller/Biodiv/data/saproDipGM.rda")[负载（D :/的穆勒/ Biodiv /数据/ saproDipGM.rda的）]

# Display data as a mosaicplot[的显示数据作为一个mosaicplot]

# Matrix of counts with appropriate names[矩阵的计数与相应的名称]
COUNTS<-as.matrix(saproDipGM[,3:27])
SPECNAM<-names(saproDipGM)[3:27]
colnames(COUNTS)<-SPECNAM
rownames(COUNTS)<-saproDipGM[,"Variety"]

# Assign colors and order by decreasing total abundance[指定颜色和秩序，通过降低总丰度]
COL<-grey(c(0,2,4,6,8,1,3,5,7)/8)
DMO<-COUNTS[,order(colSums(COUNTS), decreasing=TRUE)]

# Mosaicplot[Mosaicplot]
par(mar=c(4,2,1,1))
mosaicplot(DMO, col=COL, las=2, off=15, main="", cex=1.1)
mtext("A", side=3, line=-1.5, adj=0, cex=2)


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