R语言 annotate包 readGEOAnn()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readGEOAnn(annotate)
readGEOAnn()所属R语言包：annotate

                                        Function to extract data from the GEO web site
                                         函数来提取数据从地缘网站

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Data files that are available at GEO web site are identified by GEO accession numbers. Given the url for the CGI script at GEO and a GEO accession number, the functions extract data from the web site and returns a matrix containing the data.
GEO网站提供的数据文件，确定由GEO号。鉴于在GEO的CGI脚本的URL和GEO的加入数量，功能从网站提取数据，并返回包含数据的矩阵。


用法----------Usage----------


readGEOAnn(GEOAccNum, url = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?")
readIDNAcc(GEOAccNum, url = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?")
getGPLNames(url ="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/browse.cgi?")
getSAGEFileInfo(url =
                       "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/browse.cgi?view=platforms&prtype=SAGE&dtype=SAGE")
getSAGEGPL(organism = "Homo sapiens", enzyme = c("NlaIII", "Sau3A"))
readUrl(url)



参数----------Arguments----------

参数：url
url the url for the CGI script at GEO
urlGEO CGI脚本的URL


参数：GEOAccNum
GEOAccNum a character string for the GEO accession number of a desired file (e. g. GPL97)
GEOAccNum数量（如GPL97）GEO的加入所需的文件的字符串


参数：organism
organism a character string for the name of the organism of interests
organism利益的有机体的名称的字符串


参数：enzyme
enzyme a character string that can be eighter NlaII or Sau3A for the enzyme used to create SAGE tags
enzyme字符串，可用于酶eighter NlaII或Sau3A用于创建SAGE标签


Details

详情----------Details----------

url is the CGI script that processes user's request. readGEOAnn invokes the CGI by passing a GEO  accession number and then processes the data file obtained.
url是CGI脚本处理用户的请求。 readGEOAnn调用CGI通过GEO的加入号码，然后处理获得的数据文件。

readIDNAcc calls readGEOAnn to read the data and the extracts the columns for probe ids and accession numbers. The GEOAccNum has to be the id for an Affymetrix chip.
readIDNAcc要求readGEOAnn读取数据和提取探针ID和登录号列。 GEOAccNum是Affymetrix公司芯片的ID。

getGPLNames parses the html file that lists GEO accession numbers and descriptions of the array represented by the corresponding GEO accession numbers.  
getGPLNames解析HTML文件，该文件列出了GEO的加入人数和相应的GEO加入数字代表数组的描述。


值----------Value----------

Both readGEOAnn and readIDNAcc return a matrix.
既readGEOAnn和readIDNAcc返回一个矩阵。

getGPLNames returns a named vector of the names of commercial arrays. The names of the vector are the corresponding GEO accession number.
getGPLNames返回一个商业阵列的名字命名的向量。向量的名称是相应的GEO登录号。


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang



参考文献----------References----------

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注：
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