R语言 sigora包 sigs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

sigs(sigora)
sigs()所属R语言包：sigora

                                         SIGORA's most important function
                                         SIGORA最重要的功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function determines which Signatures (GPS) from SIGORA's collection of GPS data for the specified archive  (pathway repository/database) are present in the specified list of genes of interest (samplename). It then uses the distribution function of hypergeometric probabilities to identify the pathways  whose GPS are over-represented among the present GPS.
此功能确定指定列表中的基因的利益（samplename）签名（GPS）从SIGORA的GPS数据的采集指定的归档（通路库/数据库）。然后，它使用超几何概率分布函数，以确定代表在现时GPS的GPS的途径。


用法----------Usage----------


sigs(samplename, archive, markers, level = 1)



参数----------Arguments----------

参数：samplename
A user specified list of genes of interest ('query list'), as a vector of SIGORA IDs. To obtain such a vector, import the list of ENSEMBL/Entrez IDs using scan(..,what='character') and apply the appropriate mapping_function (entrez_converter or ens_converter) to it.  
用户指定的感兴趣的基因列表（“查询列表”），作为向量的SIGORA标识。要获得这样的向量，导入列表的ENSEMBL / Entrez的ID，使用scan(..,what='character')和应用适当的mapping_function（entrez_converter或ens_converter）。


参数：archive
Repository name : e.g. keg(or 'k') for KEGG, 'R' for REACTOME. Possible values are  'K'(KEGG),'B'(PID_BIOCARTA),'N'(PID_NCI), 'I'(INOH),'R'(REACTOME).  
库名称例如： KEGG，R为REACTOME桶（或“K”）。可能的值是“K”（KEGG），“B”（PID_BIOCARTA），N（PID_NCI），我（INOH），“R”（REACTOME）。


参数：markers
Whether to take single genes that are uniquely associated with only one pathway into account (i.e. should pathway unique genes/PUGs be considered GPS?). Choose from 0 (FALSE) and 1 (TRUE). Recommended value: 1.  
无论是采取单一的唯一相关联的基因，只有一个途径考虑（即通路独特的基因/ PUGS的GPS？）。您可以选择从0（FALSE）1（TRUE）。推荐值：1。


参数：level
In hierarchical repositories (e.g. REACTOME) number of levels to consider. Recommended value for KEGG: 2, for REACTOME: 4.  
在分层库（例如REACTOME）的水平考虑。推荐值KEGG：2，REACTOME：4。


值----------Value----------

Upon completion, the user is presented with the list of pathways that sigs deems to be statistically significant for this dataset. Additionally, sigs returns:
完成后，用户列表的途径，sigs认为该数据集有统计学意义。此外，sigs回报：


参数：detailed_results
The full list of present Signatures.
目前签名的完整列表。


参数：summary_results
The full list of pathways for which a present Signature was identified along with the associated values of the parameters of the hypergeometric function.
的签名被认定的途径以及相关的超几何函数的参数值的完整列表。


参见----------See Also----------

sigs_background,  coexp_sigs
sigs_background，coexp_sigs


实例----------Examples----------


## Not run:  [＃不运行：]
sigs(dengue_hoang,'k',1,level=2)   

## End(Not run)[＃（不执行）]

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