R语言 annotate包 neighborGeneFinder()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

neighborGeneFinder(annotate)
neighborGeneFinder()所属R语言包：annotate

                                        A widget for locating genes neighboring a target gene
                                         一个部件为邻近的靶基因定位基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a set of data (matrix) with entries for Entrez Gene or UniGene ids, the neighboring genes of a gene selected from a list on the interface can be located.
可以位于给定的数据（矩阵）Entrez基因或UniGene的IDS，从列表选择接口上的一个基因的邻近基因的条目集。


用法----------Usage----------


neighborGeneFinder(geneData, keyName = c("unigene", "locuslink"),
organism = c("human", "mouse", "rat"))



参数----------Arguments----------

参数：geneData
geneData a matrix with columns named. The name for one of the columns has to be either "locuslink" or "unigene"
geneData命名的列矩阵。一列的名称有可能是“locuslink”或“的UniGene”


参数：keyName
keyName a character string for the name of the key columns of geneData. Has to be either "locuslink" or "unigene"  
keyNamegeneData键列的名称的字符串。已是“locuslink”或“的UniGene”


参数：organism
organism a character string for the name of the organism of interest. Has to be "human", "mouse", or "rat"  
organism利益的有机体的名称字符串。有是“人”，“老鼠”，或“鼠”


Details

详情----------Details----------

Bioconductor's data package XXXCHRLLOC has to be instatlled for the widget to work. If keyName is "unigene", XXXLLMappings is required, where XXX is the name of the organism of interest.
bioconductor数据包XXXCHRLLOC的有工作部件instatlled。如果keyName“的UniGene”，XXXLLMappings是必需的，其中XXX是利益的有机体的名称。


值----------Value----------

This function returns a list of lists. Elements of the top level list are either Entrez Gene or UniGene ids. A sublist is inturn a list of lists whose top level elements are chromosome numbers, each of which is a list with an "upstream" and "downstream" elements.
这个函数返回一个列表。顶层列表的元素，要么是Entrez基因或UniGene的IDS。一个子表是inturn一个列表的顶层元素是染色体数目，这是每一个“上游”和“下游”的元素的列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang



举例----------Examples----------


  if(interactive()){
     require("annotate", character.only = TRUE) ||
     stop("Package annotate is not availble")
     geneData <- cbind(paste("100", 1:16, "_at", sep = ""), c(1, 50,
                       10044, 51, 71, 51371, 81, 51426, 188, 293, 360,
                       364, 375, 387, 513, 10572))
     colnames(geneData) <- c("Probe", "locuslink")
     neighborGeneFinder(geneData, "locuslink", "human")
  }
  

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