getSYMBOL(annotate)
getSYMBOL()所属R语言包：annotate
Functions to deal with Data Packages
处理数据包的函数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The functions documented here are intended to make it easier to map from a set of manufacturers identifiers (such as you will get from the chips etc) to other identifiers.
这里记录的功能，目的是为了使更容易从厂家标识（如你会得到从芯片等）映射到其他标识符。
用法----------Usage----------
getSYMBOL(x, data)
getLL(x, data)
getEG(x, data)
getGO(x, data)
getPMID(x, data)
getGOdesc(x, which)
lookUp(x, data, what, load = FALSE)
getUniqAnnItem()
参数----------Arguments----------
参数：x
The identifiers to be mapped (usually manufacturer)
标识符被映射（通常是制造商）
参数：data
The basename of the meta-data package to be used.
要使用元数据包的基本名称。
参数：what
what a character string for the name of an annotation element of an annotation data package
what注释数据包的注释元素的名称为字符串
参数：which
which a character string in the form of MF, BP, CC, or ANY to indicated the GO categories of interest
which在MF，BP，消委会，或者任何形式的字符串表示感兴趣的GO类别
参数：load
A logical value indicating whether to attempt to load the required annotation data package if it isn't already loaded.
一个逻辑值，指示是否尝试加载所需的注释数据包，如果它尚未被载入。
Details
详情----------Details----------
Users must supply the basename of the meta-data package that they want to use to provide the mappings. The name of the meta-data package is the same as the basename.
用户必须提供的，他们希望用提供的映射元数据包的基本名称。元数据包的名称是相同的基本名。
Appropriate translations are done. In some cases such as getEG and getSYMBOL there will only be one match and a vector is returned. In other cases such as getPMID and getGO there may be multiple matches and a list is returned.
做适当的翻译。在某些情况下，如getEG和getSYMBOL有只有一场比赛，并返回向量。在其他情况下，如getPMID和getGO可能有多个匹配，并返回列表。
For getGOdesc x contains GO identifiers (not manufacturer identifiers) and the output is a list of GOTerms objects, if which specifies some subset of the ontologies (MF, BP or CC) then only terms for that ontology are retained.
getGOdescx包含转到标识符（而不是制造商标识符）和输出的是一个GOTerms对象名单，如果which指定一些本体的子集（MF，BP或CC），然后只本体论的条款将被保留。
lookUp is a general function that can be used to look up matches. All other translation functions use lookUp
lookUp是一个普遍的功能，可以用来查找匹配。所有其他的翻译功能使用lookUp
A BioC annotation data package contains annotation data environments whose names are package name (e. g. hgu95av2) + element name (e. g. PMID). what must be one of the element names for the given data package.
，一个BioC注释数据包中包含注释数据的环境中，他们的名字是包名（如hgu95av2）+元素的名称（如关键词）。 what必须是一个给定的数据包中的元素名称。
getUniqAnnItem keeps track of the annotation elements that have one to one mappings.
getUniqAnnItem保持跟踪的注解元素，有一对一的映射。
值----------Value----------
Either a vector or a list depending on whether multiple values per input are possible.
无论是向量或列表取决于每输入多个值是否是可能的。
作者（S）----------Author(s)----------
R. Gentleman
参见----------See Also----------
mget
mget
举例----------Examples----------
library("hgu95av2.db")
library("GO.db")
data(sample.ExpressionSet)
gN <- featureNames(sample.ExpressionSet)[100:105]
lookUp(gN, "hgu95av2", "SYMBOL")
# Same as lookUp for SYMBOL except the return is a vector[除了返回的符号查找同是一个向量]
getSYMBOL(gN,"hgu95av2" )
gg <- getGO(gN, "hgu95av2")
lookUp(gg[[2]][[1]][["GOID"]], "GO", "TERM")
# Same as lookUp for TERM[相同的查找为短期]
getGOdesc(gg[[2]][[1]][["GOID"]], "ANY")
# For BP only[BP公司不仅]
getGOdesc(gg[[2]][[1]][["GOID"]], "BP")
getEG(gN, "hgu95av2")
getPMID(gN, "hgu95av2")
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 11:50:20
