R语言 annotate包 getQueryLink()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getQueryLink(annotate)
getQueryLink()所属R语言包：annotate

                                        Functions to create hypertext links that can be placed in a table
                                         创建超文本链接的功能，可以在桌子上的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a vector of ids, the functions will create a vector of hypertext links to a defined public repositories such as LocusLink, UniGene .... The linkages can be placed in a html file constructed by htmlpage.
由于IDS的向量，函数将创建一个超文本链接LocusLink，UniGene的，如定义的公共库的向量....的联系，可放置在htmlpage.构建一个HTML文件“


用法----------Usage----------


getQueryLink(ids, repository = "ug", ...)
getTDRows(ids, repository = "ug", ...)
getCells(ids, repository = "ug", ...)
getQuery4LL(ids, ...)
getQuery4UG(ids, ...)
getQuery4SP(ids, ...)
getQuery4GB(ids, ...)
getQuery4OMIM(ids, ...)
getQuery4Affy(ids, ...)
getQuery4FB(ids, ...)
getQuery4EN(ids, ...)
getQuery4TR(ids, ...)
getQuery4ENSEMBL(ids, ...)



参数----------Arguments----------

参数：ids
A character vector of ids, or alternatively, a list containing character vectors of ids. These will be used to construct hypertext links. A list should be used in cases where there are multiple ids per gene.
IDS的特征向量，或者一个列表，其中包含IDS的特征向量。这些将被用来建造超文本链接。在每个基因有多个ID的情况下，应使用一个列表。


参数：repository
A character string for the name of a public repository. Valid values include "ll", "ug", "gb", "sp", "omim", "affy", "en", and "fb". See the details section for more information.  
一个公共库的名称的字符串。有效值包括“LL”，“UG”，“国标”，“SP”，“OMIM”，“affy”，“恩”，“FB”。更多信息，请参阅细节部分。


参数：...
Allows end user to pass additional arguments. See details for getQuery4ENSEMBL for more information.
允许最终用户传递额外的参数。 getQuery4ENSEMBL更多信息，请参阅细节。


Details

详情----------Details----------

getQuery4LL constructs hypertext links to LocusLink using the provided ids.
getQuery4LL构造超文本链接LocusLink使用提供的IDS。

getQuery4GB constructs hypertext links to GenBank using the provided ids.
getQuery4GB构建超文本链接到GenBank提供IDS使用。

getQuery4UG constructs hypertext links to UniGene using the provided ids.
getQuery4UG UniGene的使用提供的IDS构建超文本链接。

getQuery4Affy constructs hypertext links to Affymetrix using the provided ids.
getQuery4Affy构造超文本链接使用Affymetrix公司提供的IDS。

getQuery4SP constructs hypertext links to SwissProt using the provided ids.
getQuery4SP构造的超文本链接SWISSPROT使用提供的IDS。

getQuery4OMIM constructs hypertext links to OMIM using the provided ids.
getQuery4OMIM构造超文本链接到OMIM使用提供的IDS。

getQuery4FB constructs hypertext links to FlyBase using the provided ids.
getQuery4FB果蝇使用提供的IDS构建超文本链接。

getQuery4EN constructs hypertext links to EntrezGene using the provided ids. This supercedes getQuery4LL, as LocusLink has been deprecated by NCBI.
getQuery4EN构造的超文本链接EntrezGene使用提供的IDS。这取代getQuery4LL，LocusLink由NCBI的已经过时了。

getQuery4TR constructs hypertext links to TAIR using the provided ids.
getQuery4TR TAIR使用提供的IDS建立超文本链接。

getQuery4ENSEMBL constructs hypertext links to Ensembl using the provided ids. An additional 'species' argument must be passed to this function via the ... argument to htmlpage. The form of the argument must be e.g., species="Homo_sapiens" for human. Note the capitalized genus and underscore (_) separator.
getQuery4ENSEMBL构造的超文本链接Ensembl的使用所提供的IDS。一个额外的种的说法，必须通过...htmlpage参数传递给这个函数。争论的形式必须是例如，物种=“Homo_sapiens的”人类。请注意大写属和下划线（_）分隔。

getQueryLink directs calls to construct hypertext links using the provided ids.
getQueryLink指示呼吁建立超文本链接提供的IDS。

getTDRows constructs each row of the resulting table.
getTDRows构造的结果表中的每一行。

getCells constructs each cell of the resulting table.
getCells构造每个单元所产生的表。

Note that some of these functions (getQuery4OMIM, getQuery4UG, getQuery4LL), getQuery4FB attempt to return empty cells for ids that don't make sense, rather than broken links. For the other getQuery4XX functions, the end user must replace all nonsense ids with " " in order to have an empty cell.
请注意，其中的一些功能（getQuery4OMIM，getQuery4UG，getQuery4LL）getQuery4FBIDS不感，而不是断开的链接，试图返回空单元格。为的其他getQuery4XX功能，最终用户必须与“取代所有废话IDS”为了有一个空的单元格。

Also note that creating additional links is quite simple. First, define a new 'getQuery4XX()' function modeled on the existing functions, then add this function to the getQueryLink function.
另外还要注意，创造额外的链接是很简单的。首先，定义一个新的“getQuery4XX（）”功能，对现有功能为蓝本，再加入getQueryLink功能此功能。


值----------Value----------

Returns a vector of character strings representing the hypertext links.
返回一个代表超文本链接的字符字符串的向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang <jzhang@jimmy.harvard.edu> with further
modifications by James W. MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>

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