R语言 seqRFLP包 frag.dat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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frag.dat(seqRFLP)
frag.dat()所属R语言包：seqRFLP

                                        Reports for simulated RFLP cutting pattern
                                         模拟的RFLP切割模式的报告

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generating reports of simulated RFLP cutting patterns.
生成模拟的RFLP切割模式的报告。


用法----------Usage----------


frag.dat(fil, enznames, enzdata)



参数----------Arguments----------

参数：fil
sequence data in class fasta.
在课堂上fasta格式的序列数据。


参数：enznames
selected enzyme name from enzdata.
从enzdata选择的酶名。


参数：enzdata
a dataframe contained enzyme information.
一个数据框所含的酶的信息。


Details

详细信息----------Details----------

Given the name of restriction enzyme, the function will give the simulated RFLP pattern. The input sequences must be a fasta format object, which means it must be first converted to class "fasta". Users are encouraged to use read.fasta, read.phy, read.nxs to read files from local machine, and converted the data to class fasta using as.fasta.
鉴于的限制性内切酶的名称，该函数将得到的模拟的RFLP图谱。输入序列必须是FASTA格式的对象，这意味着它必须先转换为类“FASTA”。我们鼓励用户使用read.fasta，read.phy，read.nxs阅读从本地计算机中的文件，并转换后的数据类fasta使用as.fasta。


值----------Value----------

This function returns to a dataframe which including the following columns. with rownames the sequence name.
这个函数返回一个数据框，其中包括以下几列。与rownames序列名称。

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>enznames  </td> <td> enzyme name</td></tr> <tr valign="top"><td>recogSite </td> <td> The recognition site of the specified enzyme.</td></tr> <tr valign="top"><td>cutting_Site </td> <td> The cutting site number on the sequence from 5' to 3'.</td></tr> <tr valign="top"><td>fragment_Length </td> <td> The length of each fragments from 5' to 3'</td></tr> <tr valign="top"><td>T5 </td> <td> Length of the 5' terminal fragment from the original sequence.</td></tr> <tr valign="top"><td>T3 </td> <td> Length of the 3' terminal fragment from the original sequence.</td></tr>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> enznames  </ TD> <TD>酶名称</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> recogSite  </ TD> <TD>特定酶的识别位点。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD>cutting_Site </ TD > <TD>切割的顺序从5到3。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> fragment_Length </ TD> <TD>的网站数量从5到3</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD>T5 </运输署“<td>长度的5末端片段的每个片段的长度原始序列。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD>T3 </运输署“<td>从原始序列的3端片段的长度。</ TD> </ TR>

</table>
</ TABLE>


注意----------Note----------

To be added.
无以复加。


（作者）----------Author(s)----------



Qiong Ding <a href="mailto:dingqiong1@gmail.com">dingqiong1@gmail.com</a>




参考文献----------References----------

None.

实例----------Examples----------



### fragdat() example[＃＃fragdat（）的例子]
data(enzdata)
data(fil.phy)
fas <- ConvFas(fil = fil.phy, type = "phy")
frag.dat(fil = fas, enznames = "EcoRI", enzdata = enzdata)


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