R语言 seqRFLP包 clipprobe()函数中文帮助文档(中英文对照)

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clipprobe(seqRFLP)
clipprobe()所属R语言包：seqRFLP

                                        Finding the sequences that could be clipped given two primers.
                                         寻找可能被裁剪两个引物序列。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Finding the sequences that could be clipped given the forward and backward primers.
查找给定的向前和向后的引物的序列，可以被裁剪。


用法----------Usage----------


clipprobe(fil, forProbe, bacProbe, tol = 3, clipped.only = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：fil
Sequences in fasta format to be analyzed. Must be in "fasta" format.
FASTA格式的序列进行分析。必须在"fasta"格式。


参数：forProbe
The forward primer.
的正向引物。


参数：bacProbe
The backward primer.
反向引物。


参数：tol
Mumber of DNA base that can not be matched by the primers.
mumber DNA碱基不能由引物相匹配。


参数：clipped.only
Whether only show the sequences that can be clipped.
是否只有显示的序列，可以被裁剪。


Details

详细信息----------Details----------

This function can be used for predicting whether the sequences can be obtained by Polymerase chain reaction (PCR) given the forward and backward primers. Users may adjust the precision of DNA sites matching by the given primers on the sequences.
此功能可用于预测给定的向前和向后的引物的聚合酶链反应（PCR）可以通过以下方式获得的序列是否。用户可以调整由给定的引物序列的DNA位点匹配的精度。


值----------Value----------

if clipped.only = TRUE, the function will return to the sequence(s) that could be obtained by PCR.
如果clipped.only = TRUE，该函数将返回序列（S），可以通过以下方式获得PCR。


（作者）----------Author(s)----------



Qiong Ding <a href="mailto:dingqiong1@gmail.com">dingqiong1@gmail.com</a>




参考文献----------References----------

None.

参见----------See Also----------

See Also frag.dat for restriction enzyme clippling pattern.
请参见frag.dat为限制酶clippling的模式。


实例----------Examples----------


### clipprobe() example[＃＃clipprobe（）的例子]

## Step1 Specify the forward and backward primer.[＃步骤1指定的向前和向后的引物。]
#clip the sequence between the backword and forward primer.[夹之间的退后，正向引物序列。]
forProbe = ITS1F = 'CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA' # forward primer should be from the 5' to 3' end.[正向引物应该是从5到3末端。]
bacProbe = ITS4 = 'GCATATCAATAAGCGGAGGA'    # backward primer[反向引物]
#only sequence with two probes found could be clipped.[只有两个探针发现的序列可以被裁剪。]

### Step2 reading sequences from external data in package.[＃＃步骤读取外部数据包的序列。]
directory <- system.file("extdata", package = "seqRFLP")
path <- file.path(directory, "seqs.fasta")
fas <- read.fasta(path)

## Step3 Clipping. Find clipped sequences, this usually takes less than 1 minute.[＃第三步：裁剪。查找裁剪序列，这通常需要不到1分钟。]
## please wait for a moment.[＃请稍等片刻。]
clipped <- clipprobe(fas, forProbe, bacProbe, tol = 2, clipped.only = TRUE)

## Step4 Checking the results.[第四步检查的结果。]
## 368 selected sequences that could be clipped.[排名第368的序列，可以被裁剪。]
length(gnames.fas(clipped))
## 393 original sequences.[第393原序列。]
length(gnames.fas(fas))
## Sequences that can not be clipped.[＃序列，可以不被限幅。]
setdiff(gnames.fas(fas), gnames.fas(clipped))


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