R语言 seqinr包 waterabs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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waterabs(seqinr)
waterabs()所属R语言包：seqinr

                                        Light absorption by the water column
                                         光吸收水柱

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The absorption of light by water is highly dependent on the wavelength, this dataset gives the absorption coefficients from 200 to 700 nm.
由水的光的吸收是高度依赖于波长，此数据集给出了从200至700nm的吸光系数。


用法----------Usage----------


data(waterabs)



格式----------Format----------

A data.frame with 2 columns:
数据框2列：




lambda wavelength in nm
拉姆达波长的纳米




abs absorption coefficient in 1/cm
ABS吸收系数1/cm


源----------Source----------

Data were compiled by Palmeira (2007) from the cited references.
帕尔梅拉（2007）所引用的参考文献资料进行了汇编。


参考文献----------References----------

sites voisins dans l'茅volution des s茅quences d'ADN, PhD thesis, Universit茅 Claude Bernard - Lyon I.<br>
near-ultraviolet absorption spectrum of liquid water. Applied Optics,  38:1216-1223.<br>
of liquid water. The Journal of Chemical Physics, 72:4416-4428.<br>


实例----------Examples----------


data(waterabs)

d &lt;- 100*seq(from = 0, to = 150, by = 1) # depth in cm[深度（厘米）]
lambda &lt;- waterabs$lambda                # wavelength in nm[在纳米波长]
abs &lt;- waterabs$absorption               # absorption coefficient cm-1[吸收系数cm-1]
#[]
# Smooth signal with cubic splines[三次样条平滑信号]
#[]
  tmp <- spline(lambda, abs, n = 255)
  lambda <- tmp$x
  abs <- tmp$y

  zun <- sapply(abs,function(x) 10^(-x*d))
  z <- sapply(nrow(zun):1, function(x) zun[x,])
#[]
# Set up world coordinates:[建立世界坐标：]
#[]
  plot.new()
  plot.window(xlim = range(lambda), ylim = range(d), xaxs = "i",  yaxs = "i")
#[]
# Annotate:[注释：]
#[]
  title(ylab = 'Depth under water surface (m)', xlab = "Wavelength (nm)",
  main = "Light absorption by the water column")
  axis(2 , at = seq(0, 15000, l = 7),
      labels = rev(c("0","25","50","75","100","125","150")), las = 1)
  axis(1,at=(3:6)*100,labels= TRUE)
#[]
# Show me rainbow colors:[我的彩虹色：]
#[]
  alpha <- 1
  coul=c(rep(rgb(1,1,1, alpha = alpha), 181),
    rev(hsv(h=seq(0,5/6,l=320),alpha = alpha)))
  rect(seq(200,699), 0, seq(201,700), 15000 , col = coul, border = coul)
#[]
# Grey scale:[灰度等级：]
#[]
  ngris <- 5
  image(x = lambda, y = d, z = z, col = rgb(1:ngris, 1:ngris, 1:ngris, alpha = 0.7*(ngris:1),
  max = ngris),
  axes = F, add = TRUE,
  breaks = seq(from = min(z), to = max(z), length = ngris + 1))

#[]
# Contour lines:[等高线：]
#[]
  contour(x = lambda, y = d, z = z, add = TRUE, drawlabels = TRUE,labcex= 0.75,
  col='black',
  levels = seq(from = min(z), to = max(z), length = ngris + 1))
  box()


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注：
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注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。