R语言 seqinr包 test.co.recstat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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test.co.recstat(seqinr)
test.co.recstat()所属R语言包：seqinr

                                        Tests if regions located between Stop codons contain putative CDSs.
                                         测试如果终止密码子之间的区域包含公认的信用违约掉期。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This test uses columns (codons) factor scores computed by recstat in order
本次测试使用的列（密码子）为了计算因子得分的recstat


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：rec
list of elements returned by recstat function.
recstat函数返回的元素的列表。


参数：fac
axis of the CA to use for test (4 ≥ fac ≥ 1).
轴的CA进行测试时使用（4≥fac≥ 1）。


参数：length.min
minimal length between two Stop codons.
两个终止密码子之间的最小长度。


参数：stop.max
threshold for Stop codons relative position in a window to determine if this window can be used for test computation.
停止密码子，在一个窗口中的相对位置，以确定可以用于测试计算如果此窗口的阈值。


参数：win.lim
minimum proportion of windows inside a region showing a p-value below the threshold for Kruskal-Wallis test.
Kruskal-Wallis检验的p值低于阈值的区域内最低比例的窗口。


参数：direct
a logical for the choice of direct or reverse strand.
一个逻辑选择正向或反向链。


参数：level
p-value threshold for Kruskal-Wallis test.
Kruskal-Wallis检验的p值阈值。


Details

详细信息----------Details----------

The test is computed for all windows located between two Stop codons separated by at least length.min nucleotides. For each window inside a region considered, a Kruskal-Wallis test is computed on the factor scores of the codons found in this window, this for the three possible reading frames. If a proportion of at least win.lim windows in the region reject the null hypothesis of means equality between the reading frames, then, there is a good probability that a CDS is located in the region.<br>
计算测试的所有窗口位于两个分离的终止密码子在至少length.min的核苷酸。对于每个窗口的区域内考虑，Kruskal-Wallis检验，发现在该窗口中的密码子，这三种可能的阅读框计算各因子得分。如果在该区域的比例至少win.lim窗口的阅读框架之间的平等，拒绝零假设，然后，是一个很好的可能性，CDS位于该区域。<BR>

Inside the first and the last windows of a region submitted to the test, the relative position of the two Stop codons is used to determine if those windows can be used in the analysis. If the first Stop is located within the stop.max fraction of the 5' end of the window, then this window is kept in the analysis. In the same way, if the second Stop is located within the stop.max fraction of the 3' end of the window, this window is also kept in the analysis.
加入提交测试的区域的第一和最后的窗口的相对位置的两个停止密码子的使用，以确定是否这些窗口可以在分析中使用。如果第一站是位于stop.max部分的5端的窗口，那么这个窗口保持在分析中。在相同的方式中，如果位于所述第二停止在stop.max馏分的3末端的窗口之内，此窗口也保持在分析中。


值----------Value----------

The result is returned as a list containing three matrices (one for each reading frame). All matrices have the same structure, with rows corresponding to the regions between two Stop codons. Columns Start and End give the location of starting and ending positions of the region; and CDS is a binary indicator equal to 1 if a putative CDS is predicted, and to 0 if not.
返回的结果是作为一个列表，其中包含三个矩阵（其中为每个阅读框）。所有矩阵具有相同的结构，与两个停止密码子之间的区域相对应的行。列Start和End得到该区域的起始和结束位置的位置;CDS是一个二进制指示器等于1如果预测一个假定的CDS，，和为0，如果不是。


（作者）----------Author(s)----------


Clerc, O. and Perriere, G.



参见----------See Also----------

test.li.recstat
test.li.recstat


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
library(seqinr)
library(ade4)
ff <- system.file("sequences/ECOUNC.fsa", package = "seqinr2")
seq <- read.fasta(ff)
rec <- recstat(seq[[1]], seqname = getName(seq))
test.co.recstat(rec)

## End(Not run)[＃（不执行）]

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