R语言 seqinr包 syncodons()函数中文帮助文档(中英文对照)

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syncodons(seqinr)
syncodons()所属R语言包：seqinr

                                        Synonymous codons
                                         同义密码子

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Returns all synonymous codons for each codon given
返回所有同义密码子，每个密码子给


用法----------Usage----------


syncodons(codons, numcode = 1)



参数----------Arguments----------

参数：codons
A sequence of codons as generated by splitseq  
一个序列的密码子所产生的splitseq


参数：numcode
The genetic code number as in translate  
遗传密码如translate


值----------Value----------

a list containing, for each codon given (list tags), all synonymous codons (including the original one)
一个列表，其中包含每个密码子（列表标签），所有同义密码子（包括原）


（作者）----------Author(s)----------


Leonor Palmeira, J.R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

synsequence
synsequence


实例----------Examples----------


#[]
# The four synonymous codons for Alanine in the standard genetic code:[同义密码子丙氨酸在标准的遗传密码：]
#[]
syncodons("ggg")
#[]
# With a sequence:[有了一个序列：]
#[]
toycds <- s2c("tctgagcaaataaatcgg")
syncodons(splitseq(toycds))
#[]
# Sanity check with the standard genetic code:[合理性检查与标准的遗传代码：]
#[]
stdgencode <- structure(list(
  ttt = c("ttc", "ttt"),
  ttc = c("ttc", "ttt"),
  tta = c("cta", "ctc", "ctg", "ctt", "tta", "ttg"),
  ttg = c("cta", "ctc", "ctg", "ctt", "tta", "ttg"),
  tct = c("agc", "agt", "tca", "tcc", "tcg", "tct"),
  tcc = c("agc", "agt", "tca", "tcc", "tcg", "tct"),
  tca = c("agc", "agt", "tca", "tcc", "tcg", "tct"),
  tcg = c("agc", "agt", "tca", "tcc", "tcg", "tct"),
  tat = c("tac", "tat"),
  tac = c("tac", "tat"),
  taa = c("taa", "tag", "tga"),
  tag = c("taa", "tag", "tga"),
  tgt = c("tgc", "tgt"),
  tgc = c("tgc", "tgt"),
  tga = c("taa", "tag", "tga"),
  tgg = "tgg",
  ctt = c("cta", "ctc", "ctg", "ctt", "tta", "ttg"),
  ctc = c("cta", "ctc", "ctg", "ctt", "tta", "ttg"),
  cta = c("cta", "ctc", "ctg", "ctt", "tta", "ttg"),
  ctg = c("cta", "ctc", "ctg", "ctt", "tta", "ttg"),
  cct = c("cca", "ccc", "ccg", "cct"),
  ccc = c("cca", "ccc", "ccg", "cct"),
  cca = c("cca", "ccc", "ccg", "cct"),
  ccg = c("cca", "ccc", "ccg", "cct"),
  cat = c("cac", "cat"),
  cac = c("cac", "cat"),
  caa = c("caa", "cag"),
  cag = c("caa", "cag"),
  cgt = c("aga", "agg", "cga", "cgc", "cgg", "cgt"),
  cgc = c("aga", "agg", "cga", "cgc", "cgg", "cgt"),
  cga = c("aga", "agg", "cga", "cgc", "cgg", "cgt"),
  cgg = c("aga", "agg", "cga", "cgc", "cgg", "cgt"),
  att = c("ata", "atc", "att"),
  atc = c("ata", "atc", "att"),
  ata = c("ata", "atc", "att"),
  atg = "atg",
  act = c("aca", "acc", "acg", "act"),
  acc = c("aca", "acc", "acg", "act"),
  aca = c("aca", "acc", "acg", "act"),
  acg = c("aca", "acc",  "acg", "act"),
  aat = c("aac", "aat"),
  aac = c("aac", "aat"),
  aaa = c("aaa", "aag"),
  aag = c("aaa", "aag"),
  agt = c("agc", "agt", "tca", "tcc", "tcg", "tct"),
  agc = c("agc", "agt", "tca", "tcc", "tcg", "tct"),
  aga = c("aga", "agg", "cga", "cgc", "cgg", "cgt"),
  agg = c("aga", "agg", "cga", "cgc", "cgg", "cgt"),
  gtt = c("gta", "gtc", "gtg", "gtt"),
  gtc = c("gta", "gtc", "gtg", "gtt"),
  gta = c("gta", "gtc", "gtg", "gtt"),
  gtg = c("gta", "gtc", "gtg", "gtt"),
  gct = c("gca", "gcc", "gcg", "gct"),
  gcc = c("gca", "gcc", "gcg", "gct"),
  gca = c("gca", "gcc", "gcg", "gct"),
  gcg = c("gca", "gcc", "gcg", "gct"),
  gat = c("gac", "gat"),
  gac = c("gac", "gat"),
  gaa = c("gaa", "gag"),
  gag = c("gaa", "gag"),
  ggt = c("gga", "ggc", "ggg", "ggt"),
  ggc = c("gga", "ggc", "ggg", "ggt"),
  gga = c("gga", "ggc", "ggg", "ggt"),
  ggg = c("gga", "ggc", "ggg", "ggt")),

.Names = c("ttt", "ttc", "tta", "ttg", "tct", "tcc", "tca", "tcg", "tat", "tac",
"taa", "tag", "tgt", "tgc", "tga", "tgg", "ctt", "ctc", "cta",
"ctg", "cct", "ccc", "cca", "ccg", "cat", "cac", "caa", "cag",
"cgt", "cgc", "cga", "cgg", "att", "atc", "ata", "atg", "act",
"acc", "aca", "acg", "aat", "aac", "aaa", "aag", "agt", "agc",
"aga", "agg", "gtt", "gtc", "gta", "gtg", "gct", "gcc", "gca",
"gcg", "gat", "gac", "gaa", "gag", "ggt", "ggc", "gga", "ggg"))
#[]
# Now the check:[现在的检查：]
#[]
currentresult <- syncodons(words(alphabet = s2c("tcag")))
stopifnot(identical(stdgencode, currentresult))

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